의과대학이 부속병원이 수련의를 위해 지은 숙소는 비과세 대상이라는 결정이 나왔다.

행정자치부는 최근 의과대 부속병원을 운영하는 A대학 학교법인이 청구한 심사청구에서 처분청의 취득세 및 등록세 등의 부과처분은 법리 오해로 인한 잘못이라며 취소 결정을 내렸다.

행자부에 따르면 청구인 A병원은 금년 4월 수련의 등의 의국(醫局) 및 숙소로 사용기 위해 대전광역시 서구에 1천8백㎡에 이르는 건축물과 토지 5백여㎡를 취득했고, 취득가액 34억원을 과세표준을 해 취득세 등 모두 1억5천640만원을 납부했다.

처분청은 청구인이 운영하는 이 사건 대학병원의 구외에 위치하고 있고, 수련병원 지정 유지를 위한 필수불가결한 시설이 아니라 전공의 등의 복리후생을 증진하기 위한 것으로 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 않는다고 해 과세했고 A 병원은 필수시설이라며 이를 부당하다고 주장했다.

행자부는 '비영리사업자의 고유목적사업용 부동산에 해당되는지 여부를 판단함에 있어서 부동산의 취득경위와 실제 사용관계를 종합적으로 판단해야 한다'고 전제하고 이 사건에 대해 처분청이 신고납부하도록 한 것은 법리 오해로 인한 잘못이 있다고 했다.

그 구체적인 증거로 ▲ '전문의의수련 및 자격 인정 등에 관한 규정'이 대학병원이 전공의 등의 수련병원으로 지정유지위한 조건으로 숙식시설과 숙직시설을 갖추도록 하고 있고 ▲ 이 사건 숙소가 병원구내와 8미터 인도를 사이에 두고 구외에 인접하고 있으며 ▲ 이 사건 부동산 취득 후인 7월에도 처분청의 현지확인 결과에서도 수련의 등의 숙소 등으로 사용되고 있는 점 ▲ 이 사건 부동산을 학교기본재산으로 편입(2008년 4월에 관계부처에 보고예정)한 점 등을 들었다.

따라서 행자부는 이 사건에 대해 청구인의 주장이 이유가 있다고 보고 신고납부한 금액에 대해 최소한 결정을 내렸다고 밝혔다.

한편, 지방세법 시행령 제78조의2제2항제1호에서는 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 않으며, 지방세법 제127조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대해서는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정돼 있다.