국세의 일부를 지방세로 전환할 경우 자치단체간 재정격차가 심화되는 문제를 야기해 현실적으로 어려움이 많은 것으로 지적되고 있다.

재정경제부가 국회 재경위 정의화 의원에게 제출한 자료에 의하면 정부가 지난 '99년에 지방주행세를 신설하는 한편, 2000년에 국세인 교육세 중 일부를 지방교육세로 전환하고 지방교부세율을 13.27%에서 15%로 확대하는 등 지방재원 확충을 위해 노력한 결과, 전체 조세수입 중 국세와 지방세 비중은 80 대 20이나 지방교부세, 지방양여금, 국고보조금 등을 통해 지방으로 이전되는 재원을 포함하면 전체 조세수입 중 약 55%를 지방정부가 사용하고 있는 데다 현재 남아있는 국세는 지역단위로 징수하기 어렵다고 밝혔다.

특히 세원이 주로 대도시로 집중돼 있어 국세를 지방세로 전환할 경우 자치단체간 재정격차가 더욱 심화될 것으로 내다봤다.

한편 법인세는 전체 세수의 71.5%, 부가가치세는 63.8%가 서울지역(재정 자립도 95.6%)에 집중돼 있고, 외국의 경우에도 국세로 운용되고 있는 실정이다.