재정경제부가 최근 취득·등록세율(5.6∼5.8%)을 인하하는 방안을 추진키로 한 반면, 지방세 주무부처인 행자부는 거래세율 인하는 어렵다고 밝혀 양 부처간 협의과정에서 진통이 예상되고 있다.

재경부는 지난 3일 서울과 과천 등 일부 지역을 대상으로 부동산거래 종합전산망을 시범적으로 운영한 뒤 오는 2005년 취득·등록세제를 개편하고 대법원의 등기전산화 작업이 마무리되면 2006년부터 인하된 세율을 적용할 계획이라고 밝혔다.

재경부 한 관계자는 "부동산 거래 종합전산망이 완성돼 전국의 모든 부동산 거래의 실제 거래가격이 파악되면 취득·등록세의 과세표준이 크게 오른다"며 "세부담이 갑자기 늘지 않도록 부동산 세제를 개편할 것"이라고 말했다.

이에 대해 행자부 지방세제 한 관계자는 "지방분권으로 지자체의 재원이 어느 때보다 많이 필요하지만 보유세의 세수가 어느 정도 늘어날지 가닥을 잡기가 쉽지 않기 때문에 거래세율 인하에 신중할 수밖에 없다"고 말했다. 또한 "법인보유 부동산이나 경매 부동산, 신규 분양아파트 등은 취득가격이 100% 노출돼 취득·등록세가 제대로 부과된 반면, 개인들은 취득가액을 낮춰 세금을 덜 내려 하고 있다"며 "과세표준이 노출된다고 해서 세부담을 줄일 이유가 없다"고 지적했다.

현재 취득·등록세 등 거래세는 취득가격과 행자부 시가표준액 중에 높은 금액을 과세표준으로 삼고 있지만 부동산을 산 사람은 시세의 30∼50%에 불과한 시가표준액대로 세금을 내고 있다.

한편 행자부는 지난달 부동산 투기를 억제하고 조세 형평성을 높이기 위해 보유세는 늘리되 거래세는 줄이는 방향으로 부동산 세제를 개편하겠다고 밝히고, 재산세와 종토세 등 보유세 세제개편 추진방안을 확정한 바 있다.