조합원입주권을 양도하는 과정에서 장기보유특별공제를 잘못 적용해 양도세를 추가 납부하는 사례가 많다. 입주권을 양도하는 때에는 주택에 해당하는 기간만 장특공제를 적용받을 수 있으므로 유의해야 한다.

국세청은 23일 부동산 양도 전에 미리 알아두면 유용한 내용을 담은 ‘양도세 실수톡톡 시리즈’를 소개했다.

A씨는 2016년 1월 취득한 주택이 2020년 2월 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 전환됐으나, 사업이 지연돼 2023년 2월까지 계속 거주하다 올해 3월 조합원입주권을 양도했다.

이에 A씨는 주택 취득일부터 조합원입주권 양도일까지의 기간에 대해 1세대1주택 장기보유특별공제율(8년, 64%)을 적용해 신고를 마쳤다.

그런데 별안간 보유·거주기간을 잘못 적용했다며 양도세를 추가 납부하라는 고지를 받고 국세청에 5천900만원을 더 물어야 했다.

왜 그렇게 됐을까?

국세청에 따르면, 조합원입주권을 양도하는 경우로서 입주권 외에 다른 주택이 없는 경우 양도가액 12억원까지 비과세 되며, 양도가액 12억원 초과분에 대해서는 1세대1주택 장특공제를 적용받는다.

이때 1세대1주택 장특공제율 산정시 관리처분계획인가일부터 양도일까지의 기간은 보유·거주기간에서 제외된다.

A씨의 경우 취득일부터 관리처분계획인가일에 해당하는 보유·거주기간 4년에 대해서만 장특공제율 32%를 적용받을 수 있었던 것이다.

이와 관련 국세청은 장특공제는 토지 건물 등 부동산에 대해 적용하며, 부동산을 취득할 수 있는 조합원입주권에 대해서는 적용하지 않는다고 설명했다. 따라서 입주권을 양도하는 경우 주택에 해당하는 기간만 장특공제가 적용된다는 것이다.

국세청은 또한 조합원입주권을 양도하는 경우와 완공된 신축주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 판단시 보유·거주기간 및 장특공제율 산정을 위한 보유·거주기간 계산방법이 다르므로 유의해야 한다고 당부했다.

장특공제율 산정때 보유기간 계산은 조합원입주권 양도시에는 취득일부터 인가일까지, 신축부동산 양도시에는 취득일부터 양도일까지 계산한다는 것이다.