특수관계자에게 부동산을 저가 임대한 경우 경정결정전에 적정한 공급가액으로 수정신고·납부한 부가가치세를 국유재산법으로 임대료를 재계산해 과세한 처분은 부당하다는 결정이 내려졌다.

최근 국세심판원은 S某씨가 ○○세무서를 상대로 낸 부가가치세 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에  따르면 S씨는 지난 '92.6월부터 자신의 소유인 부동산을 본인이 대표인 (주)○○입시연구사에 임대보증금과 월 임대료를 임대하여 매 과세기간의 부가가치세 과세표준을 신고해오다가 지난해 12월에 청구인과 특수관계자에 해당되는 위 법인에 대한 임대수입금액이 정상거래가보다 낮았음을 인정하여 이를 더 높은 임대계약을 갱신, 올 1월에 위 갱신된 계약조건에 의해 '96.1기∼2000.2기 과세기간의 부가가치세 과세표준을 수정신고·납부하였다. 그러나 세무서가 청구인이 조세부담을 부당히 감소시킬 목적으로 특수관계자인 (주)○○입시연구사에게 시가에 현저히 미달하는 임대료를 받고 임대한 것이라며 용역의 시가를 국유재산법 규정에 의해 적정임대료로 재계산해 당초 신고·납부한 세액을 旣납부세액으로 공제해 부가가치세를 결정·고지하자 심판청구를 제기했다.

심판원은 결정문을 통해 `국유재산법시행령 제26조에 규정하는 국유재산의 지가와 임대료 수준은 가장 합리적 수준에서 책정해 법제화한 것'이라며 `이 건의 경우 적당한 판단기준이 될 수 있다'고 설명했다.

하지만 심판원은 `국세기본법 제45조제1항제1호의 규정에 의거, 부동산을 저가로 임대하였다 하더라도 부가가치세 경정결정전에 적정한 부동산임대 공급가액으로 수정신고·납부했으므로 99.1기이후는 부당하게 낮은 가액으로 임대한 것에 해당하지 않는다'고 덧붙였다.

이에 따라 심판원은 `청구인이 수정신고한 부가가치세 과세표준은 98.12.31 개정 소득세법 제41조제4항이 적용되는 99.1기이후 과세기간에 대하여는 청구인이 적정임대료수준의 임대수입금액으로 수정신고한 것으로 봐야 한다'며 `이 건의 부가가치세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다'고 결정했다.