대도시에서 대도시 밖으로 공장을 이전하기 위해 구입한 토지에 허가기간내에 건축물 공사를 착공하지
않은 정당한 사유가 있는데도 불구하고 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이라는 결정이 나왔다.

이같은 사실은 지난해 12월 경기도 양주군 남면 ○○산업(주) 이某 대표이사가 행정자치부를 상대로 낸 취득세 등 환부 및 부과취소 심사청구에서 밝혀졌다.

행자부에 따르면 처분청은 청구인이 지난 '99.1.7 경기도 양주군 남면 소재 토지 1만28㎡를 취득한 후 등록세와 취득세 등 1천490만9천620원과 9백11만1천430원을 1월31일과 2월6일 신고·납부함에 따라 징수결정했다. 또 청구인이 2000.6.8 동 토지상에 공장용 건축물 4천375.20㎡를 신축 취득하고 7월8일 취득세 등 1천980만원을 신고·납부해 역시 징수를 결정했으나 처분청이 2001.6.11 세무조사를 한 결과 건축물의 추가공사비가 누락된 사실을 확인, 취득세 등 1천364만3천80원을 부과 고지했다.

이에 청구인은 경기도 부천시에서 '92.3월 임차한 부동산을 통해 문구류제조공장을 운영해 오다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하기 위해 이 일대 토지를 취득하고 '99.3.23 건축허가를 신청했으나 진입로 부재, 지하 콘크리트 흄관 설치 등으로 두 차례나 보완지시를 받으면서 9월21일 건축허가를 받아 착공했고, 이같은 과정이 기한내 착공을 못한 사유에 해당되며 신고·납부한 세금도 대법원 판례에 따라 환부해야 한다고 주장했다.

행자부는 결정문에서 `공장이 대도시 이외의 지역으로 이전하는 경우 취득세와 등록세를 면제하지만 첫째 이전할 공장의 사업을 개시하기 전 취득한 부동산, 둘째 정당한 사유가 있는 경우를 제외하고는 토지취득일로부터 6월이 내에 공장용 건물을 착공해야 한다고 전제했다. 첫째 조건의 정당한 사유라 함은 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위해 정상적인 노력을 다했음에도 불구하고 시간적 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 착공하지 못한 경우'라고 설명했다.

이에 행자부는 `이 사건 공장용 부동산 중 토지에 대한 취득세 등의 환부청구는 증액결정 처분과는 독립된 처분으로 신고·납부일로부터 90일이 경과해 불복청구한 것이므로 이에 대한 청구는 청구기간 경과로 인해 각하로 결정한다'며 `이 사건 공장용 부동산 중 건축물은 대도시내에서 대도시 외의 지역으로 공장을 이전해 사업하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 이에 대한 취득세 및 등록세 등은 舊 지방세법 제275조제1항 및 제2항의 규정에 의해 과세 면제해야 한다'고 결정했다.