현행 부가세 과세특례제도는 소규모 영세사업자의 납세협력비용을 경감시키고 세무당국의 징세비용을 절감한다는 당초의 도입취지와 달리 일부 사업자에게 조세회피의 방법으로 인식됨으로써 사회전반에 많은 부작용을 야기시키고 있다.

　특히 세금계산서 수취의무가 면제되고 실효세율이 일반과세자에 비해 낮아 일부 사업자가 불법적으로 과세특례의 혜택에 편승함으로 인해 근거과세와 과세형평이라는 조세체계의 근간이 흔들리고 있다. 더욱이 이해 당사자의 반발로 인해 세제개선을 과감히 추진하지 못한다면 정부는 사회전반의 개혁에 대한 정당성마저 상실하고 정책에 대한 신뢰성이 떨어지는 등 내부 모순에 봉착할 가능성이 있다.

　정부가 추진하고 있는 각종 개혁작업이 성공하기 위해서는 정부의 조세체계 선진화에 대한 일관된 의지가 필요하며 과세특례제도 폐지과정에서는 그 부작용이 최소화될 수 있는 단계적인 방안이 강구되어야 할 것이다.

　아울러 과세특례폐지를 통한 투명세정의 달성과 함께 이를 통한 경제전반의 세율인하가 수반되어야만이 진정한 조세개혁임을 명심해야 할 것이다.