과세특례 및 간이과세제도는 영세사업자에게 세금계산서 작성·교부 및 장부의 기장·비치 등 각종 납세협력의무를 완화해 납세자의 납세순응비용을 경감하고 세무행정당국의 징세비용을 줄이기 위해 도입하였으며, 실제 다소 이러한 효과를 거두는 등 긍정적 효과도 있었던 것은 사실이다.

　그러나 정부에서는 일반과세자와 특례과세자(간이과세자 과세특례자)간에 세부담의 차이가 커서 일부 고소득자영업자의 경우 세부담을 회피하기 위한 수단으로 과세특례제도를 이용하는 부작용이 나타나서 업종·계층간의 세부담을 공평하게 하고 거래의 투명성을 높이기 위해 현행 특례과세
제도의 개편을 추진하고 있다.

  다만, 정부의 개편안대로 과세특례자는 간이과세자로 전환되고, 간이과세자는 일반과세자고 흡수될 경우 영세사업자의 세금계산서 및 장부기장 등 과세증빙자료 확보의 어려움이 충분히 예상된다.

　따라서 이번 부가세 개편안의 추진은 현재 국세청에서 추진중인 장부기장 확대사업을 통해 자영사업자의 장부기장이 확대되고, 신용카드활성화를 통한 과표양성화, 특례과세자의 일반과세자 전환을 유인하는 각종 세제지원제도(소규모 사업자에 대한 세액공제 등)를 통한 일반과세자의 확대 등 조세인프라 구축과 병행해 동 개편안을 추진해야 할 것이다.