세제개편안에서는 55개 조세감면조항 중 겨우 13개를 폐지하고 10개는 축소·연장하는 한편, 32개를 재연장한 것은 불요불급한 감면제도를 축소·정비하겠다는 의지가 다소 퇴색되었다는 지적이다.

이런 가운데 이번 개편안에서는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면제도를 소기업에 대한 특별세액감면제도로 전환함에 따라 1백인초과 제조업체 등은 특별세액감면 대상에서 배제됨으로써 법인세 및 소득세의 20%를 고스란히 세금으로 더 내야하는 고통을 겪게 됐다.

물론 10인이하 도·소매업체 및 50인이하 운수업체, 50인이하 건설업체 등은 특별세액감면제도 대상에 새로 포함돼 개편안의 혜택을 받게되었으나 제조업체는 상대적으로 불리해진 것이 사실이다. 하지만 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제폭이 5%에서 10%로 늘어났고, 중기청이 인정하는 창업벤처중기의 경우 법인세 등 감면세액의 20% 를 납부해야 했던 농어촌특별세가 폐지돼 부담이 줄어든 것에는 대부분 환영하고 있다. 또한 증권거래소 상장 중기의 경우 코스닥등록 중기에만 적용되던 `중소기업 사업손실준비금제도'에 새로 포함돼 사업소득 중 30%를 비용으로 인정받게 된 부분도 개선안으로 받아들여지고 있다.