과점주주가 된 경우에는 일반취득세와 동일하게 취득시점으로부터 30일이내에 해당지분에 상당한 취득세를 신고납부해야 한다. 이 기간내에 신고납부를 하지 않으면 20%의 가산세를 가산하여 보통징수방법에 의하여 고지한다.

또한 과점주주의 취득세 과세자료를 확보한 시장·군수는 그 과점주주에게 과세할 과세대상 물건이 다른 시·군에 있을 경우에는 그 과세대상을 관할하는 시장·군수에게 지체없이 통보하여야 한다.

과점주주에 대한 취득세 과세의 문제점 및 개선방안
1. 지방세법시행령 제78조제2항 검토
먼저 영§78조제2항을 살펴보면 `이미 과점주주가 된 주주 또는 사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 새로이 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 `주식 또는 지분의 비율'이라 한다)이 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다'라고 규정하고 있다. 이 조항에서 `이미 과점주주가 된 주주 또는 사원'이란 단순히 법문해석상으로 볼 때 설립시나 취득, 증자 등 어떠한 방법으로라도 과점주주가 된 모든 경우라 해석할 수도 있다.

또한 `과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율'이란 주식보유기간내 주식 또는 지분의 변동과 비율에는 관계없이(과점주주가 아니되었다가 다시 과점주주가 된 경우는 영§78조제3항 적용) 과점주주 상태만 계속 유지하였으면 모든 경우가 해당된다고 해석이 가능하다. 그러나 아래 사례를 보면,

사례A)행정자치부(구 내무부) 세정13407-566('96.5.28) 회신
1950........설 립----①
1980........100%----②
1985........93%----③
1991........86%----④
1994........93%----⑤

⇒위와 같이 `지방세법시행령 제78조제2항 규정에 의하여 80년도에 1백% 과점주주된 자가 85년도에 주식양도로 93%되었다가 94년도에 주식취득으로 과점비율이 93%로 증가되었을 경우에는 5년이내인 91년도 86% 대비 7% 증가분에 대한 취득세 납세의무가 있음'이라고 해석하였다.

사례B)행정자치부(구 내무부) 세정13407-1592('97.12.4) 회신
1993.1.....설립시 90%---①
1994.12..일부양도후 85%- ②
1997.12..일부양수후 87%- ③

⇒지방세법시행령 제78조제2항의 규정에 의거 2%과세

사례A에서 증가비율은 5년내의 비율④를 기준으로 증가된 비율 7%로 과세해야 된다고 하였으나 `5년이내'라는 규정은 영§78조제3항의 규정은 과점주주였던 자가 주식양도 등으로 과점주주에 해당되지 않게 되었다가 다시 과점주주가 되었을 때 적용하는 것이지 위와 같이 계속 과점주주 상태를 유지하고 있는 경우에 적용할 수 없다고 생각한다. 그러므로 단순히 법령해석으로 볼 때 위와 같은 경우는 ①시점이나 ②시점을 적용하여 과세할 수 없다는 해석도 가능하다.

또한, 사례B에서 2%의 납세의무가 있다고 해석한 것은 그 이전의 과점비율①과는 관계없이 매각후 재취득을 새로운 취득으로 보고 증가 직전분②와 비교하였으나, 다른 한편으로는 영§78조제2항을 인용하여 과점주주가 된 당시①을 적용하여 3% 감소 (③-①)되었으므로 과세대상이 아니라고 해석할 수 있다.

따라서 위 행정자치부(구 내무부) 회신과 같이 해석하기 위해서는 법문을 `과점주주가 된 당시의'를 `새로이 취득하기 직전의'로 개정함이 법 적용상 이견이 없을 것으로 생각된다