〈예시 2〉
○설립시 40%⇒취득(증자)후 70%⇒매각(증자)후 55%⇒취득(증자)후 75%가 되었을 경우 과세비율은?

위 예시2에 대해서는 지방세법시행령 제78조제2항을 적용하여 5%를 과세함이 타당할 것이다.

그러나 혹자는 55%가 된 날부터 5년이 경과하여 75%가 된 경우에는 75% 전체를 과세비율로 보아 과세해야 한다고 해석하기도 하고, 55%에서 75%로 증가했으니 20%만을 과세비율로 보아 과세해야 한다고 해석하기도 한다.

과점비율이 55%가 된 날부터 5년이내에 75%가 되었다면 70%에서 증가분인 5%만 과세하고, 5년이 경과한 경우에는 55%에서 증가분인 20%만을 과세해야 한다고 본다. 이렇게 적용하기 위해서는 결국 지방세법시행령 제78조제2항을 보완할 필요가 있다. 이 경우에도 시행령 제78조제2항에서 증가된 시점이 `5년이내·이후'로 구분하여 명시하여야 한다.

(4)과점주주 성립시 비과세 감면 적용시 곤란하다.
지방세법 제105조제6항 과점주주에 대한 취득세의 납세의무 규정에서 후단 단서규정으로 `다만, 이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다'라고 규정하고 있으며 이 조항에 대한 유권해석은 `과점주주가 된 때를 기준하여 과점주주 취득세에 대한 과세표준결정 및 비과세 감면적용 여부를 결정함이 타당하다'(감심 93-21, '93.2.9 및 세정13407-197, '99.2.10)고 해석하고 있다.

그러나 현행 비과세 혹은 감면규정을 살펴보면 취득물건의 용도와 더불어 그 취득자가 누구냐에 따라 비과세 감면사항이 결정되는 예가 많이 있으며, 주식 취득자(과점주주)가 법인이 아닌 개인의 경우에 감면관계 증빙자료를 제출받아 과점주주 납세의무성립일 현재시점에서 당초 법인이 취득한 물건을 새롭게 감면 해당여부를 판단하여야 하는 실무과정에서 명확한 판단을 도출하기는 사실상 쉬운 일이 아닐 것이다.

또한 비과세 감면사항을 별도의 조항에서 다루지 않고 단서조항에서 규정함으로 인하여 법조문 해석을 둘러싸고 이견이 대두되고 있으며, 이는 과세표준액 적용기준은 일반적 취득과 달리 규정하고 있는 점에서 과표는 별도의 규정을 적용하고 비과세 감면은 일반적인 취득과 같이 취득시점을 기준하여 판단해야 된다는 일관성이 없는 해석을 초래하고 있다.

과점주주에 대하여 취득세를 과세하는 입법취지와 소유권의 변동없이 동일한 과세객체에 대하여 당초 법인에 비과세 감면되었던 취득세를 간주취득한 주식 취득자(과점주주)에게 `새로운 취득세 납세의무가 발생하여 비과세 감면여부를 검토한 바 이에 해당되지 않으므로 과세한다'라고 한다면 쉽게 이해하지 못할 것이다.

이에 대한 개선방안으로는 단서조항에서 규정하고 있는 비과세 감면규정을 별도의 조항에 두고 한시적으로 비과세 감면되는 부분은 단서조항에 규정하는 것이 바람직할 것이다. 그래야 납세의무자나 실무담당자의 해석상 혼란을 방지할 수 있고 조세행정의 불신을 방지할 수 있을 것이다.