지금까지 과점주주의 과세제도에 대해서 법규 적용상 해석의 문제라든가 비과세 감면사항 그리고 중과세 적용문제 등 실무적으로 운용상 문제점으로 도출하여 미진하나마 그에 대한 개선방안도 아울러 검토해 보았다.

본 제도를 계속 유지하기 위해서는 과점주주에 대한 취득세 부과의 다양한 유형에 비해 적용할 법규가 다소 미비하므로 납세자에게나 실무담당자에게 혼란을 방지하고 명확한 과세를 위하여 법류 보완 내지 개선의 필요성을 절감하였고 아울러 이 제도의 입법취지인 정책세제로서 주식의 집중방지 및 세수증대라는 중차대한 목적에 부응하지 못하는 측면도 있다는 것도 부인할 수 없는 사실이다.

이는 우리 울산광역시의 과점주주에 대한 과세현황에서 살펴보았듯이 대부분이 재정상태나 자산규모가 열악한 개인기업수준을 벗어나지 못하고 있는 실정이고, 최근 국정감사에서 부의 세습으로 집중보도된 某 대기업의 실례에서도 볼 수 있듯이, 과점주주는 되지 않는다 하더라도 여러 개의 계열사를 실질적으로 지배할 수 있다는 것이 현실과 법과의 괴리라고 할 수 있을 것이다.

따라서 차제에 현행 법인의 주식이동상황에 대한 관리를 하고 있는 국세청에서 보다 체계적·효율적 전산화를 구축하도록하여 장기적으로는 법인의 주식의 집중을 보다 효과적으로 방지할 수 있도록 하는 차원에서 2000년부터 시행되는 국세의 양도소득세에 대한 소득세할주민세의 경우처럼, 지방세에서는 과점주주에 대한 취득세 부과제도를 폐지하여 이러한 세무행정력을 보다 효율적인 세무조사분야에 투입하도록 하고 법인의 주식이동 상황을 직접 관리하는 관련 국세청에서 직접 과세할 수 있는 방안도 적극 검토해 볼만하다 할 것이다.