재정경제부가 산업자원부와 중소기업청이 최근 확정한 벤처기업 M&A활성화 방안 중 주식교환과 관련된 소득세법 개정 건의방침에 대해 부정적인 시각을 보이고 있어 향후 법안 개정까지 진통이 예상된다.

재경부 관계자는 지난달 27일 "벤처산업의 활성화를 위해서는 세제 지원도 중요하겠지만 소득세법 개정이전에 다른 제도적인 보완이 더 필요하다"며 "건의를 위한 건의는 기업에게도 별 도움이 되지 않을 것"이라고 말했다.

그는 "예전에 이와 유사한 법이 있었는데 거의 활용되지 않아 폐기된 상태로 남은 적이 있다"며 "이런 주식거래가 없는데 얼마나 기업들에게 도움을 줄지 의문"이라며 회의적인 반응을 보였다.

또 벤처기업 활성화는 제도상 세제지원만으로 해결할 수 없는 일이라며 실효성있는 제도를 만들기 위해서는 이뿐만 아니라 벤처기업 M&A투자펀드 설치 등 다른 여건 등이 먼저 해결되는 것이 바람직하다고 덧붙였다.

이와 함께 그는 "세제 지원을 통해 벤처기업간 합병절차가 간소화되고 주식교환을 통한 전략적 제휴가 보다 용이해진다면 정부, 기업 모두에게 좋은 일"이라며 "그러나 산자부와 중기청이 확정한 내용 가운데 '인수합병이 교환주식의 현물출자로 이뤄질 때 기술신보 등 공인평가기관의 평가를 공인감정인의 감정으로 대신할 수 있게 하겠다'는 애매모호한 규정 등은 좀더 명확하게 하는 것이 실효성있는 제도로 만드는데 도움을 줄 것"이라고 지적했다.

아울러 그는 "산자부와 중기청이 이 방안에 대해 정식 건의를 해오면 검토는 해보겠다"며 "그러나 이같은 방안이 얼마나 도움을 줄지 등을 신중히 판단해 결정할 계획"이라고 덧붙였다.

이에 대해 김정국 감정평가사도 "벤처기업 M&A활성화 방안 가운데 주식의 교환과 관련된 해당 주식 현물출자 평가가 감정평가사마다 다를 가능성은 충분히 있다"며 "때문에 이를 감정하는 감정평가법인을 어떻게 지정할지 등의 제도적 보완장치가 필요하다"고 말했다.

또 '공인감정인'이라는 범위를 시행령에서 정확하게 정하지 않으면 업무를 수행하는데 많은 혼란이 예상된다며 지가 공시 및 토지 감별 법률 등에 근거한 건설교통부 장관에게 신고한 감정평가법인으로 할 것인지 아니면 일반 사무소를 운용하고 있는 감정평가사까지 포괄적으로 할 것인지에 대한 명확한 범위 설정문제가 필요하다고 지적했다.

한편 산업자원부와 중기청은 지난달 26일 '벤처기업활성화위원회'를 개최하고, 합병이나 제휴를 위해 교환되는 주식에 대해서는 양도소득세를 부과하지 않고 교환주식을 팔때 양도소득세를 부과하는 내용 등의 '벤처기업 M&A활성화 방안'을 확정했었다. 이 방안을 통해 산자부와 중기청은 교환주식에 대한 과세유보로 벤처기업 M&A에 크게 도움을 줄 수 있을 것으로 기대했다.