수정신고후 추가로 자진납부할 세액을 늦게 냈더라도 법정신고기한 경과후 6월이내에 납부한 경우에는 '수정신고에 의한 가산세 감면규정'을 적용해야 한다는 결정이 내려졌다.

국세심판원은 최근 A某법인이 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 A법인은 산업용 기기 등의 수출업을 영위하는 법인으로 지난해 제1기분 부가가치세 확정신고를 하고, 이후 신고누락분을 확인해 영세율 과세표준 신고불성실 가산세 등을 적용해 추가납부세액으로 수정신고했다. 그러나 A법인은 수정신고시 영세율과세표준 신고불성실 가산세에 대해 '수정신고로 인한 가산세 50% 경감'을 적용하지 않은 사실을 발견해 이를 수정후 추가납부세액을 계산해 자진납부했다.

이에 대해 처분청은 수정신고에 대한 경정청구는 세법상 허용되지 않고, 청구법인이 지난해 10월 수정신고했으나 이로 인한 추가납부세액을 납부하지 아니했으므로 수정신고에 의한 가산세 감면은 적용할 수 없다며 세액을 다시 결정 고지했다. 

심판원은 결정문에서 '청구법인이 법정신고기한 경과후 6월이내에 수정신고를 했고, 정당하게 계산된 추가납부세액도 납부했다'며 '국세기본법 제46조제3항('99.8.31. 신설)에서 과세표준의 신고후 과세표준 신고액에 상당하는 세액의 일부 또는 전부를 납부하지 아니한 경우에도 세무서장이 고지하기 전까지는 납부할 수 있도록 규정하고 있다'고 설명했다.

또 추가 자진납부해야 할 세액 중 일부만 납부한 경우에는 일부 납부에 의해 수정된 범위안에서 가산세를 감면하는 것이 타당하다 고 덧붙였다.

이에 따라 심판원은 '청구법인이 처분전에 납부세액을 수정신고와 동시에 내지 않았다고 수정신고와 무관하게 임의 납부된 세액으로 보는 것은 타당하지 않다'고 결정했다.