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부가가치세법상 면세사업 매입세액과…
대법원 2015.11.12. 선고 2012두28056 판결
백제흠 변호사(김&장 법률사무소)
백제흠 변호사

-부가가치세법상 면세사업 매입세액과 토지관련 매입세액의 관계-

 

 

I. 판결의 개요

1. 사실관계의 요지와 부과처분의 경위

원고는 주택신축판매업 등을 목적으로 설립된 내국법인으로서, 2006년 4월경부터 용인시 기흥구 신갈동 일원에서 아파트를 신축‧분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 시행하였는데, 위 아파트는 부가가치세 면세대상인 국민주택 규모 이하의 아파트와 과세대상인 위 규모 초과의 아파트로 구성되어 있다. 

원고는 아파트의 부지로서 면세재화이자 재고자산인 토지를 취득하면서 2006년 제2기부터 2008년 제1기까지 사이에 ① 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료 및 감정평가수수료, 신용평가수수료, 법률자문수수료 중 토지취득에 사용한 비율에 따른 금액 ② 토지신탁등기 및 소유권이전등기에 관한 법무사수수료 ③ 지구단위계획 수립용역비로 합계 2,327,930,000원(이하 ‘이 사건 취득부대비용’라고 한다)을 지출하였다.

원고는 2008.7.25. 피고에게 이 사건 취득부대비용이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 아니어서 그 매입세액은 토지관련 매입세액이 아닌 것으로 보아 위 취득부대비용에 대한 부가가치세 매입세액(이하 ‘쟁점 매입세액’이라고 한다)을 공제하여 2006년도 제1기부터 2008년도 제1기까지 부가가치세 신고를 하였다. 이에 대하여 피고는 이 사건 취득부대비용은 토지의 취득에 소요된 부대비용으로서 쟁점 매입세액은 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라고 한다) 제17조 및 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제60조제6항의 토지관련 매입세액에 해당한다는 이유로 쟁점 매입세액을 불공제하는 등 원고에 대하여 2008.12.1. 2006년도 제1기 부가가치세 9,286,270원, 2006년도 제2기 부가가치세 220,796,450원, 2007년도 제1기 부가가치세 9,924,820원, 2007년도 제2기 부가가치세 34,066,100원, 2008년도 제1기 부가가치세 35,987,370원의 각 부과처분을 하였다(쟁점 매입세액의 불공제 이외에도 다른 사유로 부가가치세가 추가로 과세되었는바, 이하 위 부과처분 중 쟁점 매입세액 불공제 관련 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

2. 판결 요지

대법원은 구 부가가치세법 제17조제2항제4호는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)(이하 ‘면세사업 매입세액’이라고 한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액(이하 ‘토지 관련 매입세액’이라고 한다)을 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제60조제6항은 “법 제17조제2항제4호에서 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다”고 규정하면서, ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 각각 들고 있고, 구 부가가치세법 제12조제1항제12호는 ‘토지’를 면세재화의 하나로 규정하고 있는 바, 이러한 관련 규정에 따르면, 면세재화인 토지를 재고자산으로 취득하여 공급하는 면세사업자인 원고가 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제17조제2항제4호의 ‘면세사업 매입세액’이므로 이를 매출세액에서 공제하여서는 안 된다고 판시하면서, 원심이 쟁점 매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제60조제6항의 ‘토지관련 매입세액’으로 본 것은 적절하지 않지만, 이를 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 부과처분이 적법하다고 한 원심의 결론은 정당하다는 취지로 판단하였다.

II. 대상판결의 평석

1. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 면세재화인 토지에 국민주택규모를 초과하는 아파트와 그 이하인 아파트를 신축‧공급하는 과세‧면세 겸영사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 이 사건 취득부대비용의 쟁점 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부이고 만일 매입세액 불공제 대상이라면 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 전단의 ‘면세사업 매입세액’에 해당하는지, 아니면 제4호 후단의 ‘토지 관련 매입세액’에 해당하는지 여부이다. 원고는 과세‧면세 겸영사업자이지만 이 사건 쟁점은 ‘재고자산이자 면세재화인 토지를 공급하면서 그 취득부대비용으로 지출한 이 사건 취득부대비용의 매입세액이 공제되는지 여부’로서 면세사업과 면세재화의 고유한 문제에 해당하므로 일반 면세사업자에 대해서도 그 논의가 동일하게 적용된다.

원심은 이 사건 취득부대비용이 원고가 이 사건 사업을 수행하기 위하여 필요한 토지를 취득‧조성‧사용하거나 그 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 직‧간접적 비용이라는 이유로, 쟁점 매입세액이 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 후단 및 시행령 제60조제6항의 ‘토지 관련 매입세액’에 해당하여 매입세액 불공제 대상이라고 보았다. 그러나 대상판결은 쟁점 매입세액이 부가가치세법상 매입세액 불공제대상이라는 결론은 동일하게 내리면서도, 이 사건 취득부대비용이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 아니므로 쟁점 매입세액이 ‘토지관련 매입세액’은 아니고, 원고가 과세‧면세 겸영사업을 수행하더라도 토지 관련 부분은 면세사업이므로 재고자산이자 면세재화인 토지를 취득하면서 지출한 이 사건 취득부대비용의 쟁점 매입세액은 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 전단의 ‘면세사업 매입세액’에 해당한다고 판단하였다.

이하에서는 부가가치세법상 면세사업 매입세액과 토지관련 매입세액의 관계에 대하여 그 매입세액 불공제의 입법연혁과 판례를 중심으로 살펴보고 쟁점 매입세액에 대한 대상판결의 판단 및 대상판결의 의미에 대하여 논의하고자 한다.

2. 부가가치세법상 면세사업과 토지관련 매입세액의 불공제

가. 부가가치세의 전단계세액공제방식과 매입세액의 불공제

우리나라의 부가가치세법은 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 산정하는 전단계세액공제방식을 택하고 있다1). 대부분의 국가에서 채택하고 있는 방식이다. 사업자는 매출세액에서 매입세액을 공제한 세액을 납부하여야 하고 만일 매입세액이 매출세액보다 많다면 그 초과액을 환급받게 된다. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액과 재화의 수입에 대한 매입세액이 매출세액에서 원칙적으로 공제되나 조세정책적인 이유나 매입세액의 성질 등에 따라 예외적으로 공제대상 매입세액에서 제외되는 경우가 있다.2)

부가가치세법은 불공제대상 매입세액으로 ① 매입처별 세금합계표 미제출 또는 부실기재 관련 매입세액 ② 세금계산서 미수령 또는 부실기재 관련 매입세액 ③ 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 ④ 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 ⑤ 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액 ⑥ 면세사업 및 토지관련 매입세액 ⑦ 사업자등록 전 매입세액을 규정하고 있다.3) 매입세액 공제 여부는 부가가치세 납부세액을 결정하는 가장 중요한 요소이므로 매입세액 불공제 규정은 제한적‧열거적 성질의 규정으로 보아 엄격 해석하여야 한다.4)

나. 면세사업 매입세액과 토지관련 매입세액의 의의

(1) 면세사업 매입세액
면세사업 매입세액이란 과세사업과 관련이 없으므로 거래의 성질에 따라 불공제되는 매입세액이다. 부가가치세법상 자기의 사업이란 과세사업을 의미하는 것으로서 매입세액 공제를 허용하는 것은 과세사업과의 관련성을 전제로 한다. 면세사업 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액이고 면세사업 매입세액에 대해서는 투자에 관련된 매입세액을 포함하여 모두 공제받을 수 없다.

그러나 면세사업이 아니라 단순히 면세 재화나 용역의 공급과 관련되는 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 있다. 예컨대, 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가, 지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제한다.5) 재화의 국가에 대한 무상제공 등이 면세에 해당하더라도 당해 행위를 사업으로 하지 않아 면세사업에 해당하지 않기 때문이다. 그러나 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가, 지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우에는 사업관련성이 없으므로 해당 재화의 매입세액은 공제하지 않는다.6)

(2) 토지관련 매입세액
토지관련 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지 조성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 매입세액(제3호)을 말한다.7) 예컨대, 도 보유 토지를 개발하여 골프장 운영업과 숙박시설 운영업을 영위하기 위하여 도시계획관련 용역수행계약을 체결하고 그 대가를 지급하면서 부담하는 부가가치세 등이 제1호의 매입세액에 해당한다.8) 부동산 임대업을 영위하는 사업자가 주차장 운영업을 하기 위하여 기존 건물을 철거하는 경우 등이 제2호의 매입세액에 해당한다.9) 제2호의 ‘토지만을 사용하는 경우’란 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다.10)

자본적 지출이란 자산의 취득원가에 산입되는 지출로서, 그 중 상각대상자산에 지출된 것은 감가상각에 의하여 그 감가상각기간에 걸쳐 비용으로 처리되고, 비상각대상자산에 지출된 것은 양도시 양도차익을 산정하면서 그 취득가액에 산입하는 방법으로 비용처리되는 성질을 지닌다. 즉시 비용으로 처리되는 수익적 지출과 구분된다. 고정자산인 토지에 대한 자본적 지출은, 토지의 특성상 내용연수를 연장시키는 경우는 전제하기 어렵고, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 경우만이 상정된다. 토지는 부가가치를 창출하는데 투입되는 본원적 요소로서 사용하더라도 그 가치가 감소하지 아니하므로 감가상각대상이나 소비행위의 대상이 되지 않고, 토지의 가치를 증가시키는 토지 관련 매입세액은 부가가치가 아니므로 이를 공제하지 않는 것이 부가가치세의 기본원리에 부합한다.11)

3. 면세사업과 토지관련 매입세액의 입법연혁과 판례의 추이

가. 개설

앞서 본 바와 같이 ‘면세사업 매입세액’과 ‘토지 관련 매입세액’의 개념은 그 자체로는 비교적 명확하지만 그 입법 연혁과 해당 조항의 문언내용에 따라 매입세액 불공제 사유로서의 양자의 관계와 의미, 특히 면세재화인 토지가 과세사업에 사용되는 경우 토지가 면세재화라는 이유로 그 매입세액이 불공제되는 것인지, 토지 관련 매입세액이란 토지의 자본적 지출에 따른 매입세액만을 의미하는 것인지, 아니면 수익적 지출에 따른 매입세액도 포함하는 것인지 등에 관하여 납세자와 과세관청 사이에서 다툼이 계속하여 제기되어 왔다.

나. 과세사업에서의 토지관련 매입세액의 공제에 관한 견해의 대립

1993.12.31 개정 이전 당시 부가가치세법 제17조제2항제4호는 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액의 하나로서 ‘면세사업 매입세액’은 규정하고 있었으나 ‘토지 관련 매입세액’은 규정하고 있지 않았다. 그럼에도 불구하고 당시 과세실무는 부가가치세법 제12조가 토지를 면세재화로 규정하고 있음을 근거로 ‘토지관련 매입세액’은 자본적 지출 여부를 묻지 않고 모두 불공제하는 것으로 보았다. 그러다가 1991.12.31. 부가가치세법 시행령 개정을 통하여 당시 부가가치세법 제17조제2항제4호의 개정 없이 토지 조성 등을 위한 자본적 지출의 매입세액 불공제에 관한 명문의 규정을 도입하게 되었다. 당시 부가가치세법 제17조제2항제4호가 ‘면세사업 매입세액’만을 불공제하는 것으로 규정하고 있음에도 1991.12.31. 개정 시행령 조항이 ‘토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관한 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하게 된 것이다.
당시 위 시행령 규정의 도입과 관련하여 과세사업에 있어서 토지관련 매입세액이 공제되는지 여부에 대하여 공제설과 비공제설이 대립하였다. 공제설은 부가가치세 매입세액의 공제는 해당 사업이 과세사업인지 면세사업인지에 따라 판단되어야 하는 것이므로, 토지의 조성 등에 관한 매입세액이라고 하더라도 과세사업과 관련이 있으면 공제가 되어야 한다는 견해이다. 불공제설은 시행령의 규정이 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이라고 하여 과세사업과의 관련성을 규정하고 않고 있을 뿐만 아니라, 토지조성을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되고 토지 자체는 부가가치세법상 면세재화로서 결국 토지의 취득원가에 산입되는 자본적 지출도 그 매출세액이 면제되는 것이므로, 설령 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하더라도 관련 매입세액은 부가가치세법상 면세제도의 기본원리에 비추어 그 공제를 허용해서는 안된다는 견해이다.12)

다. 대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결의 공제설의 입장

대법원 전원합의체 판결은 골프장 시설의 설치에 관한 토지조성용역의 대가에 관한 매입세액이 매출세액에서 공제 가능한지 여부가 문제가 된 사안에서, 1991.12.31. 개정 시행령 조항의 의미와 효력과 관련하여 위 조항은 토지의 조성 등에 따른 거래행위가 부가가치세 납부의무가 면제되는 사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어진 경우에 한하여 그 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다는 당연한 이치를 규정한 것으로 보아 토지관련 매입세액이라도 과세사업에서는 공제된다는 공제설의 입장을 취하였다. 즉 위 법 제17조제1항은 과세사업자의 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 매입세액 공제대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 제2항에서 매입세액 불공제 대상으로 삼고 있는 제4호도 ‘같은 법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 ‘사업’을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않고 또한 괄호 안에 규정된 투자에 관련된 매입세액도 당연히 면세사업을 전제로 그 투자에 관련된 매입세액으로 이해하여야지, 거기에 과세사업에 관련된 것도 포함되는 것으로 이해할 것은 아니라고 판시하였다.

라. 1993.12.31. 개정 부가가치세법의 토지관련 매입세액 불공제 조항의 도입

한편 1993.12.31. 개정 부가가치세법 제17조제2항제4호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 매입세액’에 더하여 ‘대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’을 규정하였고 그 위임을 받아 구 부가가치세법 시행령 제60조제6항이 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’이라고 규정하였다. 그 입법취지는 불공제설을 입법화하여 면세사업과의 관련성을 묻지 않고 토지관련 매입세액을 공제하지 않기 위한 것이었다.13) 그 이후 2001.12.31. 부가가치세법 시행령 제60조제6항을 개정하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 앞서 본 바와 같이 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 등으로 구체적으로 규정하였다.

마. 토지관련 매입세액의 공제와 자본적 지출에 대한 판단

1993.12.31. 부가가치세법 제17조제2항제4호의 개정과 2001.12.31. 부가가치세법 시행령 제60조제6항의 개정을 통하여 과세사업의 경우에도 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 토지관련 매입세액이 불공제 대상으로 도입되고 자본적 지출의 범위가 구체화되자 종전 특정의 사업이 과세사업에 해당하는지의 문제에서 특정의 토지 관련 지출이 자본적 지출에 해당하는지의 판단 문제로 논의의 초점이 이동하였다.
이와 관련하여 대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844 판결은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말한다고 하면서, 골프장을 운영하는 사업자인 원고가 골프장 조성공사를 하면서 이 사건 잔디수목식재공사와 그린‧티‧벙커 조성공사를 한 것은 골프장 용지의 조성에 필수불가결한 것으로 그 공사로 식재 또는 조성된 잔디‧수목과 그린‧티‧벙커는 당해 골프장 토지에 부합되어 토지와 일체를 이룸으로써 골프장 용지의 구성부분이 되는 것이고 그 지출로 인하여 토지의 가치가 현실적으로 증가되었으므로 이는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하고, 따라서 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 판시하였다.

반면 국세심판원은 불공제되는 매입세액은 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 한정되므로 토지의 가치를 증가시키지 않는 수익적 지출에 대해서는 공제 가능하며, 과세사업을 위한 토목공사 중 구축물이나 건물에 해당하는 부분은 토지 조성에 대한 지출이 아니므로 그 매입세액은 공제 가능하다고 판단하였다.14) 이에 따르면 맹암거, 낙석망, 석축, 연못, 도로공사 등은 토지와는 별개의 구축물이므로 그 설치‧보수공사에 따른 매입세액의 공제는 허용될 것이다.

이와 관련하여 토지 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 토지의 공급자인 토지 소유자가 지출한 토지조성비에 한정되는지, 아니면 토지임차인이 지출한 토지조성비도 포함되는지에 관하여 견해의 대립이 있었다. 제외설은 자기의 사업을 위하여 사용된 재화 또는 용역의 공급이 타인 소유토지의 가치를 현실적으로 증가시키게 된다고 하더라도 그 토지 소유자가 아닌 자에게는 토지관련 매입세액이라고 할 수 없다는 입장이다. 포함설은 매출세액이 발생하지 아니함에도 매입세액을 공제한다면 매입거래와 관련된 부가가치세의 부과가 무의미해진다는 이유로 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 경우에는 사업자가 토지소유자인지를 불문하고 면세제도의 기본원리상 매출세액에서 공제하여서는 아니된다는 견해이다.15)

이에 대하여 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결은 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미하고, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 판시하여 토지 임차인에 대해서는 제외설의 견해를 취함으로써 불공제되는 토지관련 매입세액의 범위를 제한적으로 해석하였다.

4. 쟁점 매입세액의 토지관련 매입세액 및 면세사업 매입세액 해당여부

가. 토지관련 매입세액

‘토지관련 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 고정자산에 해당하는 토지에 대하여 그 토지의 가치를 증가시키는 경우가 주로 해당한다. 부가가치세법 시행령 제60조제6항은 그러한 자본적 지출로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지 조성 등에 관련된 매입세액 등을 규정하고 있다.

이 사건 취득부대비용은 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료 및 감정평가수수료 등으로서, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는지 여부가 문제되나, 이 사건과 같이 아파트를 신축하여 그 부속토지와 함께 공급하는 경우에 그러한 토지는 매각을 목적으로 하는 재고자산이고 고정자산은 아니어서 그에 대한 지출은 자본적 지출로 보기는 어렵고, 따라서 쟁점 매입세액은 부가가치세법 시행령 제60조제6항의 토지관련 매입세액에 해당하지 않으므로 대상판결의 입장은 타당하다.

토지는 고정자산이지만 세법상 자본적 지출은 비용지출의 주체가 소유자임을 전제로 하는 개념이다. 기업회계기준상으로도 자산을 보유하고 있는 않은 경우에는 자본적 지출의 용어를 사용하지 않는다. 토지에 대한 자본적 지출이 토지의 취득원가에 산입되어 양도되는 경우 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수된다는 것으로, 토지임차인의 경우에는 그와 같은 방식으로 토지에 대한 지출을 회수할 수 없으므로 기업회계상 자본적 지출이라는 용어를 사용하기에 적절하지 않다. 그러한 사정으로 위 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결은 임차인이 지출한 토지조성공사비용은 자본적 지출에 해당하지 아니한다는 이유로 그 매입세액의 공제를 허용하였는바, 대상판결이 쟁점 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보지 않는 이유도 매입세액 불공제의 사유를 엄격하게 해석하는 위 대법원 판례와 입장과 크게 다르지 않다고 보인다.

나. 면세사업 매입세액

‘면세사업 매입세액’은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액을 의미한다. 이러한 면세사업 매입세액은 투자에 관련된 매입세액을 포함하여 모두 공제받을 수 없다. 구 부가가치세법 제12조제1항제12호는 토지를 면세재화로 규정하고 있고, 원고는 면세재화인 토지를 재고자산으로 취득하여 공급하는 사업을 영위하였으므로, 쟁점 매입세액은 면세재화인 토지를 판매하는 면세사업에 관련된 것으로서 구 부가가치세법 제17조제2항제4호의 면세사업 매입세액으로 보는 대상판결의 입장은 타당하다.

5. 대상판결의 의미와 평가

대상판결은 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 ‘토지관련 매입세액’은 아니지만 ‘면세사업 매입세액’이므로 매출세액에서 공제하여서는 안된다고 함으로써 부가가치세 매입세액 불공제의 대상인 면세사업과 토지관련 매입세액의 관계와 의미를 명확히 하였다. 즉, 원심이 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료 등이 토지의 취득에 소요된 부대비용으로서 쟁점 매입세액이 ‘토지관련 매입세액’에 해당한다고 본 것과 달리, 대상판결은 이를 ‘면세사업 매입세액’에 해당한다고 봄으로써 토지관련 매입세액에 해당하기 위해서는 토지에 관련된 지출이라고 하더라도 그 지출이 단순히 토지와 관계되는 지출이면 되는 것이 아니라 토지가 고정자산에 해당하여 그 지출이 자본적 지출이어야 한다는 점, 토지에 아파트를 신축‧분양하는 과세‧면세 겸영사업자의 경우 토지 부분에 대해서는 면세사업을 운영하는 것이고 그러한 면세사업에 있어서 토지는 재고자산에 해당한다는 점을 분명히 하였다.

부가가치세의 매입세액 공제 여부에 대한 판단기준을 당해 사업이 면세사업인지 과세사업인지 여부에 따른다는 대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 및 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 토지 소유자가 지출한 토지조성비에 한정된다는 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결과 대상판결을 비교하여 볼 때, 면세사업 매입세액에 해당하는지 여부는 기본적으로 재화의 성격이 아니라 사업의 성격에 따라 판단된다는 점, 토지관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 국한되고 수익적 지출은 여기에 해당하지 않는다는 점에서 그 전제적 이해를 같이 하고 있다고 사료된다. 즉, 대상판결이 이 사건 취득부대비용을 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 전단의 면세사업 매입세액이라고 본 것은 법령의 개정 경과에도 불구하고 여전히 대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결의 입장에서 면세재화의 해당하더라도 과세사업의 경우에는 이를 매입세액 불공제에서 제외하고자 하는 입장이 반영된 것이고, 제4호 후단의 토지관련 매입세액이 아니라고 판시한 것은 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결의 입장에서 과세사업의 경우에도 자본적 지출의 범위를 제한하여 수익적 지출에 해당하면 매입세액 공제를 허용하겠다는 견해가 반영된 것으로서, 결국 매입세액 불공제의 대상을 규정하고 있는 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 후단 및 시행령 제60조제6항의 적용범위를 한정적으로 해석한 것으로 평가된다.

결국 대상판결은 면세사업 매입세액과 토지관련 매입세액의 개념과 의미를 종전 대법원 판결의 연장선 상에서 파악하고 있는 바, 대상판결에 따르면 면세사업 매입세액과 토지관련 매입세액의 관계는, 첫째, 토지관련 매입세액을 불공제 대상으로 추가하는 법령의 개정에도 불구하고, 원칙적으로 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 전단에 의하여 토지관련 매입세액이더라도 매입세액 불공제는 납세자가 수행하는 사업의 성격에 따라 판단하여야 하고, 둘째, 그러한 관점에서 납세자가 토지 등 면세재화를 고정자산으로 하여 매출세액을 거래징수하는 사업을 하면 이는 과세사업이므로 여전히 토지관련 매입세액도 공제되어야 하나, 토지 등 면세재화가 재고자산에 해당하는 경우에는 그 재화를 공급하더라도 매출세액의 징수가 면제되므로 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 전단에 해당하는 면세사업을 수행한 것이어서 관련 매입세액이 불공제되며. 셋째, 과세사업을 수행하는 경우라고 하더라도 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 후단 및 시행령 제60조제6항은 매입세액 불공제의 예외사유를 제한적으로 열거하는 특별규정이므로, 여기에 해당하는 경우에는 비록 토지 등 면세재화를 고정자산으로 하여 매출세액을 거래징수하는 과세사업을 한 경우라도 관련 매입세액이 공제되지 않는다는 것으로 정리할 수 있다.

대상판결에 의하여 ‘면세사업 매입세액’과 ‘토지관련 매입세액’의 관련 납세자와 과세관청 사이의 분쟁의 여지가 상당부분 정리된 것으로 보인다. 다만, 토지 등 면세재화를 고정자산으로 하여 과세사업을 영위하는 경우에 자본적 지출이 아닌 토지 등 면세재화의 취득가액이나 취득부대비용이 구 부가가치세법 제17조제2항제4호 후단 및 시행령 제60조제6항의 적용범위에 포함되는지 등의 문제가 추가로 제기될 여지가 있는 바, 토지 등의 면세재화를 취득하는 경우에는 부가가치세를 부담하지 않으므로, 주로 그 취득부대비용에 대한 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지가 문제될 것이다.16)

-각주-

 

1)  구 부가가치세법 제17조 제1항.
2) 구 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항.
3) 구 부가가치세법 제17조 제2항.
4) 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등.
5) 부가가치세법 기본통칙 38-0-6.
6) 부가가치세법 기본통칙 38-0-6.
7) 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항.
8) 재소비 1082, 2004. 9. 30.
9) 부가 46015-2172, 1998. 9. 24.
10) 대법원 2008. 2. 1. 선고 2007두2524 판결.
11) 김두형, 부가가치세법론, 피앤씨미디어, 2016, 335면.
12) 김두형, 전게서, 337-338면.
13) 국세청, 개정세법해설 1994, 194면.
14) 국심 93경3041, 1994. 5. 30.
15) 김해마중, “토지임차인이 지출한 토지조성공사비용의 매입세액 공제”, 판례연구 24집(1), 2010. 9., 41-42면.
16) 하태흥‧김성환, “2015년 조세분야 판례의 동향”, 특별법연구 제13권, 2016, 667-668면.

 

- 백제흠(白濟欽) 변호사 약력 -

■ 자격취득

‧ 변호사, 대한민국(1991)
‧ 변호사, 미국 뉴욕주(2004)
‧ 공인회계사, 미국 일리노이주(2004
)

■ 학력

‧ 서울대학교 법과대학 (법학사 1988)
‧ 연세대학교 경영대학원 (경영학석사 1994)
‧ Harvard Law School (International Tax Program 2002)
‧ NYU School of Law (LL.M. in Taxation 2003)
‧ 서울대학교 대학원 (법학박사 2005)

■ 경력

‧ 서울지방법원 등, 판사(1994-2001)
‧ 국세청 자체평가위원회, 위원(2006- 2010)
‧ 중부지방국세청 과세전적부심사위원회 및 이의신청심의위원회, 위원(2007- 2009)
‧ 기획재정부 세제실, 고문변호사(2012- )
‧ 기획재정부 세제발전심의위원회, 위원 (2013 -  )
‧ 기획재정부 국세예규심사위원회, 위원 (2013 -  )
‧ 서울지방변호사회 조세연수원, 원장 (2014 -  )
‧ 김‧장 법률사무소, 변호사(2004-  )


세정신문  

입력 : 2016-06-07 09:35:05

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