집합건물의 대지권 지분 순차등기 없이 최종적으로 전유부분 건물만 취득한 경우 대지권 지분에 대한 취득세 과세는 무효라는 결정이 나왔다.

민원인은 2009년 4월 21일 서울시 구로구 소재 부동산의 대지권 67제곱미터에 대해 대지권을 등기신청하기 위해 해당 부동산의 과세표준 1억2천만원에 대한 등록세 및 취득세 240만원과 가산세 등 총 400만원을 신고하고 납부했다.

하지만 이후 민원인은 해당부동산은 분양형식으로 매수한 것이 아니라 제3자가 강제경매에 의해 취득한 부동산 전유부분 건물을 순차적으로 취득해 대지권 등기가 되지 않은 집합건물로 당시 전유부분만 취즉했기 때문에 대지권지분에 대한 취득세 부과처분은 부당하다고 주장했다.

이에 대해 처분청은 이 사건의 부동산의 경우 건축자로부터 최초 분양시 전유부분 및 대지지분까지 분양이 된 후 대지권등기를 마치지 못한 상태에서 강제경매에 의해 전유부분만 이전된 상태에서 순차적으로 이전등기를 거쳐 신청인까지 소유권 이전등기가 경료된 사실 등이 관련서류 등에 의해 확인되고 있는 이상, 신청인이 2004년 8월 10일 매매를 원인으로 이 사건 부동산의 전유부분 및 대지권까지 취득한 것으로 보는 것이 타당하며 따라서 이 사건의 부과처분은 정당하다고 주장했다.

특히 처분청은 이와 관련해 '집합건물의 경우에는 전유부분의 취득에 따라 대지권을 취득한 것으로 규정하고 있고, 취득이란 부동산의 등기여부와 관계없이 매매계약서상 잔금지급일에 취득한 것으로 규정하고 있으며, 집합건물의 건축자로부터 전유부분과 대지지분을 함께 분양형식으로 매수해 그 대금을 모두 지급했으나 전유부분에 대한 소유권이전등기만 하고 대지지분에 대해서는 소유권이전등기를 하지 못한 상태인 수분양자로 부터 전유부분과 대지지분을 다시 매수하거나 증여하는 등의 방법으로 양수받은 자 역시 대지권을 취득했다고 볼 것이다'(대법원 판례 2008다60742)라는 판례로 주장을 뒷받침했다.

이에 지난 6월 30일 개최된 서울시 공개세무법정은 본 민원은 집합건물의 대지권 지분 순차등기 없이 최종적으로 전유부분 건물만 취득한 경우 대지권 지분에 대한 취득세 납세의무가 존재 유무라고 판단했다.

이와 관련해 심의위원들은 민원인이 대지권 미등기 산태인 부동산은 2004년 8월 10일 매매를 원인으로 취득해 2004년 8월 11일 전유부분 즉 건물에 대해서만 취득신고 및 소유권 이전등기를 한 사실이 명백하며 이를 근거로 민원인의 주장은 타당성이 있다고 판단했다.

따라서 공개세무법정은 민원인의 주장에 손을 들어줘 처분청의 대지권 부분에 대한 과세처분을 취소했다.