Ⅰ. 경제의 역동성 지원

1

투자·고용·지역발전 촉진

현 행

개 정 안

□ R&D비용 세액공제

ㅇ (대상) 국가전략기술(7개 분야) 및
신성장･원천기술(14개 분야) R&D비용

ㅇ (공제율) 기업 규모별 차등

□ 적용기한 연장

ㅇ (적용기한) ’24.12.31.

ㅇ ’27.12.31.

□ 통합투자세액공제

ㅇ (대상) 국가전략기술(7개 분야)
사업화시설 투자

ㅇ (공제율) 기업 규모별 차등

□ 적용기한 연장

ㅇ (적용기한) ’24.12.31.

ㅇ ’27.12.31.

현 행

개 정 안

□ 통합투자세액공제

ㅇ (대상) 사업용 유형자산 등에 대한 투자

□ 추가공제 공제율 상향

ㅇ (좌 동)

ㅇ (공제율) 기업 규모별 차등

*(당해연도 투자액-직전 3년 평균 투자액)

ㅇ 추가분 공제율 10%로 상향

*(당해연도 투자액-직전 3년 평균 투자액)

현 행

개 정 안

□ 조특법상 중견기업 범위

ㅇ (제외업종)

- 소비성서비스업

- 금융업, 보험 및 연금업,
금융 및 보험 관련 서비스업

<추 가>

ㅇ (규모) 직전 3년 평균 매출액이 3,000억원(R&D세액공제의 경우 5,000억원) 미만일 것

ㅇ (독립성) 아래 ➊, ➋ 모두 충족

➊ 상호출자제한기업집단에
속하지 아니할 것

➋ 자산총액 10조원 이상 법인이 발행주식의 30% 이상을 직·간접적으로 소유하면서 최대 주주인 기업이 아닐 것

□ 제외업종 추가, 규모기준 조정

ㅇ 업종 추가

- 부동산임대업

ㅇ 직전 3년 평균 매출액이
기준금액의 3배(R&D세액공제의 경우 5배) 미만일 것

현 행

개 정 안

□ 중소기업 졸업 유예

ㅇ (졸업요건) 규모기준 초과

➊ 매출액이 기준금액* 초과

* 업종별 400~1,500억원

➋ 자산총액 5,000억원 이상

➌ 관계기업과의 매출 합산액이 기준금액* 초과

* 업종별 400~1,500억원

□ 졸업 유예기간 확대

ㅇ (유예기간) 졸업 후 3년

ㅇ 3년 → 5년(코스피·코스닥 상장 기업은 7년)

현 행

개 정 안

□ 연결납세방식 적용 후
중소기업 규정 적용 기간

□ 적용기간 확대

ㅇ 최초 연결사업연도와
이후 3년간

ㅇ 이후 3년간 → 이후 5년간

현 행

개 정 안

□ 연구･인력개발비 세액공제

ㅇ (대상) 기업이 지출한
연구･인력개발비용

□ 중소기업 졸업 후 공제율
점감구조 도입

ㅇ (좌 동)

ㅇ (공제율)

1｣추가분: 최대 10%(R&D 지출액/매출액×3)

2｣(~3년)15%, (4~5년)10%, (6년~)8%

ㅇ 중소기업 졸업 후 3~5년간
점감구조 도입

1｣(좌 동)

2｣(~3년)20%, (4~5년)15%, (6년~)8%

3｣(~3년)25%, (4년~)20%

4｣(~3년)35%, (4년~)30%

- 코스닥상장 중견기업은
기본 25%, 추가 최대 15%

<삭 제>

현 행

개 정 안

□ 통합투자세액공제

ㅇ (대상) 사업용 유형자산 등에 대한 투자

□ 중소기업 졸업 후 공제율
점감구조 도입

ㅇ (좌 동)

ㅇ (공제율)

1｣(당해연도 투자액-직전 3년 평균 투자액)

ㅇ 중소기업 졸업 후 3년간
점감구조 도입

1｣(좌 동)

2｣(~3년)7.5%, (4년~)5%

3｣(~3년)9%, (4년~)6%

4｣(~3년)20%, (4년~)15%

현 행

개 정 안

□ R&D 세액공제가 적용되는 비용

ㅇ 일반 분야: ➊ ~ ➑
국가전략기술, 신성장･원천
기술 분야: ➊ ~ ➌

➊ 위탁･공동 연구개발비

➋ 재료비

□ 적용범위 확대

ㅇ 일반 분야: (좌 동)
국가전략기술, 신성장･원천기술 분야: ➊ ~ ➑ 

➌ 인건비

* 국가전략기술, 신성장･원천기술과 일반 R&D를 공동으로 수행하는 경우 일반 R&D 공제율 적용

➌ 인건비

* 주된 시간을 국가전략기술 또는
신성장･원천기술 R&D에 투입한 경우 투입시간만큼 안분 적용

➍ 소프트웨어 대여･구입비

- 단, 문화상품 제작 목적에 한정

➍ 소프트웨어 대여･구입비

<삭 제>

➎ R&D용 시설 임차료

➏ 기술정보비, 기술지도비

➐ 디자인 개발지도비

➑ 특허 조사･분석비

현 행

개 정 안

□ 인력개발비 세액공제

□ 적용범위 확대

ㅇ (적용대상)

- 연구요원의 위탁훈련비

- 사내직업능력개발훈련 및
직업능력개발훈련 소요 비용

- 중소기업에 대한 인력개발,
기술지도 비용

- 사내기술대학, 사내대학 운영비

- 산업수요 맞춤형 고등학교
등과의 계약을 통해 설치･운영되는 직업교육훈련과정, 학과 등 운영비 등

<추 가>

- 임직원이 아닌 자에게 제공하는 인력개발을 위한 비용*
(교재비 등을 지급받는 경우 해당 비용에서 차감)

* (예) 강사에게 지급하는 강의료,
교육생에게 지급하는 훈련수당･식비･교재비･실습재료비･용품비

ㅇ (공제율) 대 기 업: 최대 2%
중견기업: 8~15%
중소기업: 25%

ㅇ (좌 동)

현 행

개 정 안

□ 연구개발용자산의 내용연수

ㅇ 5년

- 건물부속설비

- 구축물

□ 기계장치 내용연수 단축

- 기계장치

<삭 제>

ㅇ 3년

- 광학기기

- 시험기기

- 측정기기

- 공구

- 기타 시험연구용 설비

<추 가>

- 기계장치

현 행

개 정 안

□ 통합고용세액공제

ㅇ (대상) 상시근로자

- 1년 미만 기간제,
초단시간(주 15시간↓) 제외

ㅇ (기본공제)

□ 지원대상 확대 및
유형별 지원방식 개편

ㅇ 고용지원 대상 확대

- 1개월 이상 1년 미만 기간제,
초단시간 근로자 포함

ㅇ 계속고용 공제액 상향
+ 탄력고용 정률지원* 도입

* 계속고용인원 유지･증가시 지원 

현 행

개 정 안

□ 통합고용세액공제

ㅇ (사후관리) 공제 후 일정 기간* 고용유지 의무

- 감소시 공제액 상당분 추징

* 최초 공제연도부터 2~3년간

□ 사후관리 폐지 및 고용지원 통합

ㅇ 계속고용인원 유지･증가시
1년 추가 공제*(사후관리 폐지)

* 계속고용인원이 유지·증가했으나
청년 등 고용은 감소하는 경우
감소 인원당 공제액 차감

** 계속고용인원이 육아휴직 등으로 감소하는 경우에는 해당 인원에 대한 공제액만 차감하여 추가 공제

ㅇ (추가공제)

- 적용기한:
정규직 전환 ‘24.12.31.
육휴복귀자 ’25.12.31.

ㅇ 기본공제와 통합*
(적용기한 도래시 종료)

* 계속고용 증가로 2년 최대 4,800만원 지원

<신 설>

ㅇ 최소 고용증가 기준:
중견기업 10명, 대기업 20명

현 행

개 정 안

□ 해외자원개발투자 세액공제

□ 외국자회사에 대한 해외직접투자 요건 완화

ㅇ (대상)

➊ 광업권·조광권 직접 취득

➋ 광업권·조광권 소유한
외국법인 지분 투자

➌ 내국인의 외국자회사를
통한 ➊, ➋ 투자

- 외국자회사는 내국인이 100% 직접 출자한 법인

- (좌 동)

둘 이상의 내국인이 공동으로 100% 출자한 경우 포함

지분율 산정시 해당국 법률 등에 의해 해당국 정부 등이 의무 보유하는 지분 제외

ㅇ (공제율) 투자·출자액의 3%

ㅇ (좌 동)

현 행

개 정 안

□ 해외진출기업이 국내* 복귀 시
소득·법인세 및 관세 감면

* 수도권 과밀억제권역 제외

ㅇ (대상) ➊, ➋에 모두 해당하는 해외진출기업

➊ 국외에서 2년 이상 경영하던 사업장을 폐쇄(완전복귀) 또는 축소·유지(부분복귀)

➋ 국내에 창업 또는 사업장을 신·증설

ㅇ (감면율)

- (소득·법인세) 7년간 100% + 3년간 50%*

* 수도권 안으로 부분복귀 시 3년간 100% + 2년간 50%

- (관세) 5년간* 완전복귀 100%, 부분복귀 50%

* 「해외진출기업복귀법」 §7에 따른 지원대상 국내복귀기업으로 선정된 날부터 5년

ㅇ (적용기한) ’24.12.31.

□ 적용기한 연장

ㅇ ’27.12.31.

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 기존 1주택자*가 다음 요건을 충족하는 주택 1채를 신규 취득 시 1주택자로 간주, 1세대 1주택 특례 적용

* 주택이 아닌 분양권 또는 조합원입주권을 1개 보유한 경우도 포함

ㅇ (주택요건) 아래 요건을 모두 충족

➊ (소재지) 인구감소지역(다만, 수도권ㆍ광역시는 제외하되 수도권 내 접경지역 및 광역시 내 군지역은 포함)

- 기존 1주택과 동일한 시·군·구 소재 신규 주택 취득은 제외

➋ (가액상한) 공시가격 4억원*

* (양도소득세) 취득시 공시가격 기준

(종합부동산세) 과세기준일 공시가격 기준

➌ (취득기한) ‘24.1.4.부터 ’26.12.31.

ㅇ (특례내용) 양도소득세, 종합부동산세에 대해
1세대 1주택 특례* 적용

* (양도소득세) 12억원 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80%
(종합부동산세) 기본공제 12억원(다주택자 9억원) 및
고령자·장기보유 세액공제 최대 80%

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 기존 1주택자가 준공 후 미분양주택을 취득하는 경우 1세대 1주택 특례 적용

ㅇ (주택요건) 아래 요건을 모두 충족

➊ ‘24.1.10. ~ ’25.12.31 기간 중 취득

➋ 수도권 밖의 지역 소재

➌ 전용면적 85m2, 취득가액 6억원 이하

ㅇ (특례내용) 양도소득세 및 종합부동산세에 대해
1세대 1주택 특례* 적용

* (양도소득세) 12억원 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80%
(종합부동산세) 기본공제 12억원(다주택자 9억원) 및
고령자·장기보유 세액공제 최대 80%

2

기업경쟁력 제고

현 행

개 정 안

□ 가업상속공제
적용대상

□밸류업․스케일업 우수기업 및
기회발전특구 이전·창업기업(이하 ‘밸류업 우수기업등’)에 대한 지원 우대

ㅇ 중소ㆍ중견기업
(중견기업은 매출액
5천억원 미만)

<단서 신설>

□ 공제한도

ㅇ (좌 동)

- 다만, 밸류업 우수기업등은 매출액 제한 폐지

□ 공제한도

<신 설>

□ 밸류업 우수기업등 요건

※ 가업상속공제 요건도 충족 필요

【밸류업】아래 요건을 모두 충족할 것

➊ 5년간(‘25~’29년) 「기업가치 제고 계획」공시

➋ 5년간(’25~‘29년) 당기순이익 대비
주주환원액(배당금+자사주소각액) 비율이
업종별 평균의 120% 이상

【스케일업】아래 요건을 모두 충족할 것

➊5년간(’25~‘29년) 매출액 대비 투자액 또는 R&D지출액 ⒜비중 및 ⒝연평균 증가율*이 아래 두 요건 중 하나를 충족

* 직전 3년 평균 대비 증가율로 계산

◾ ⒜매출액 대비 투자액 또는 R&D지출액 비중 및 ⒝투자액 또는 R&D지출액 연평균 증가율이 각각 5% 이상

◾ ⒜매출액 대비 투자액 또는 R&D지출액 비중이 3% 이상이고 ⒝투자액 또는 R&D지출액 연평균 증가율이 10% 이상

➋ 5년간(’25~‘29년) 고용을 유지할 것

【기회발전특구 이전·창업기업】특구에서 창업하거나 수도권 과밀억제권역 내에서 특구로 이전한 기업으로서 아래 요건을 모두 충족할 것

➊ 기업의 본점 및 주사무소가 기회발전특구에 소재

➋ 기회발전특구 내 사업장의 상시
근로자가 전체 상시근로자의 50% 이상

※ 고용유지 요건, 주주환원액 등의 범위 및 계산방법, 사후관리 등 구체적 내용은 대통령령에서 규정

현 행

개 정 안

□ 사업무관자산*의 범위

* 사업무관 자산은 가업의 직접적인 경영ㆍ영업활동과 관련이 없어 가업상속ㆍ승계 재산에서 제외

ㅇ 비사업용 토지 등

□ 범위 조정

ㅇ 영업활동과 관련없는 주식 등

ㅇ 업무무관 자산 및 임대 부동산

<단서 신설>

ㅇ (좌 동)

- 임직원 임대주택 제외

ㅇ 대여금

<단서 신설>

ㅇ (좌 동)

- 임직원 학자금ㆍ주택자금
제외

ㅇ 과다보유 현금
(직전 5년 평균의 150% 초과분)

ㅇ 150% → 200%

현 행

개 정 안

□ 최대주주등 보유주식 할증평가

□ 폐 지

ㅇ (원칙) 최대주주등 주식*은 평가한 가액에 20% 가산

* 최대주주 또는 최대출자자 및 특수관계인의 주식 등
[중소ㆍ중견기업(매출액 5천억원 미만) 제외]

ㅇ (예외) ➊~➏은 할증평가 제외

➊ 중소기업 및 중견기업(매출액 5천억원 미만)이 발행한 주식

➋ 직전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여
법인세법상 결손금이 있는 경우

➌ 평가기준일 전후 6개월 이내의 기간 중 최대주주등이 보유하는 주식 등이 전부 매각된 경우

➍ 사업개시 3년 미만 법인으로서 각 사업연도의 영업이익이 모두 결손인 경우

➎ 상속‧증여세 신고기한 내에 법인의 청산이 확정된 경우

➏ 최대주주 보유 주식을 최대주주 외의 자가
상속‧증여받는 경우로서, 상속‧증여로 인해 최대주주에 해당하지 않는 경우 등

현 행

개 정 안

□ 해운기업 법인세 과세표준
계산 특례 제도

□ 운항일 이익 조정 등
제도 재설계

ㅇ (특례내용) 해운기업 법인세 과세표준을 선박톤수, 운항일이익, 운항일수 등을 기준으로 계산

* 과세표준(선박표준이익) =

∑(개별선박의 순톤수×톤당
1운항일 이익×운항일수×사용률)

ㅇ (좌 동)

- (운항일 이익) 모든 선박에 동일한 운항일 이익 적용

- 기준선박이 아닌 선박에 대한 운항일 이익 30% 인상

※ 기준선박: 해당 기업 소유 선박
+국적취득조건부 나용선
+소유권 이전 연불조건부 리스 선박

ㅇ (적용기한) ’24.12.31.

ㅇ ’29.12.31.

현 행

개 정 안

□ LPG부탄 개별소비세 환급

ㅇ 환급대상

- 가정용 부탄

<추 가>

□ 환급특례 신설

ㅇ 환급대상 확대

- (좌 동)

- 수소제조용 부탄

ㅇ 환급세액

- 부탄 세액과 프로판 세액의 차액*

* 275(부탄) - 14(프로판) = 261원/kg

ㅇ (좌 동)

- (좌 동)

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 복수의결권주식* 취득을 위한 현물출자시
양도소득세 과세이연

* 벤처기업 창업주의 의결권 보호를 위해 창업주에게만 발행되는 최대 10개의 의결권이 있는 주식

ㅇ (적용요건) 창업주*가 복수의결권주식 취득을 위해 보통주식 현물출자로 납입

* (요건) 벤처기업의 발기인&상무 등기이사&30% 이상 의결권 보유 최대주주 등

ㅇ (과세특례) 보통주식 현물출자로 발생한 양도
소득에 대한 양도소득세 과세이연

- 복수의결권주식의 보통주 전환시* 과세이연금액 과세

* 복수의결권주식 존속기간 만료, 복수의결권주식 상속·양도, 창업주의 이사직 상실, 벤처기업의 증권시장 상장 등

ㅇ (신청) 현물출자한 날이 속한 반기 말일부터
2개월 내 신청*

* 구체적인 방법은 대통령령에서 규정

현 행

개 정 안

□ 벤처기업 주식매수선택권 과세특례

□ 적용기한 연장

➊ 행사이익 비과세 특례(§16의2)

- (대상) 비상장·코넥스 상장

- (특례내용) 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권 행사이익(시가 – 매수가액) 연간 2억원 한도* 비과세

* 벤처기업별 총 누적한도 5억원

➋ 행사이익 소득세 분할납부 특례(§16의3)

- (대상) 비상장·상장 벤처기업

- (특례내용) 행사이익(§16의2에 따른 비과세 이익 제외) 소득세 5년간 분할납부

➌ 적격주식매수선택권* 과세특례(§16의4)

* 3년간 행사가액 합계 5억원 이하, 행사후 1년간 보유 등

- (대상) 비상장 벤처기업

- (특례내용) 행사시 행사이익에 대해 납부하지 않고 양도시 양도소득 (양도가액 – 행사가액)으로 납부 가능

□ (적용기한) ’24.12.31.

□ ’27.12.31.

현 행

개 정 안

□ 적격분할 관련 지분의
연속성 요건

➊ (교부) 분할대가 전액(분할합병의 경우 80% 이상)을 분할신설법인등의 주식으로 교부

➋ (배정) 분할법인등의 주주(분할합병의 경우 분할법인등의 지배주주등)가 소유하던 주식의 비율(지분비율)에 따라 배정

<추 가>

□ 자기주식 관련 지분의
연속성 요건 합리화

- 지분비율 산정시 분할법인등이 보유한 자기주식은 제외

➌ (보유) 분할법인등의 지배주주등이 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유

ㅇ (좌 동)

3

자본시장 활성화

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 주주환원 촉진을 위한 법인세 과세특례 신설

ㅇ (대상) 코스피･코스닥 상장법인

- 다만, 리츠 등 투자･배당 목적의 법인은 제외
(예: 부동산투자회사, 유동화전문회사, 기업인수목적회사 등)

ㅇ (요건) ➊, ➋ 모두 충족

- ➊ 해당 사업연도 종료일까지 「기업가치 제고 계획」을 공시한 법인

- ➋ 주주환원* 금액이 전년 대비 증가 및
직전 3년 평균 대비 5% 이상 증가

* 이익잉여금을 재원으로 하는 배당(결산·중간·분기배당 포함) 및 자사주 소각

ㅇ (과세특례) 주주환원금액 5% 초과 증가분에
대해 세액공제

- (공제대상금액) [당해연도 주주환원금액 - (직전 3년 평균 주주환원금액) × 1.05] ×
(1 - 지배주주등 지분비율)

- (공제율) 5%

- (공제한도) 당해연도 총 주주환원금액의 1%

ㅇ (적용기한) ’27.12.31.

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 주주환원 확대 기업의 개인주주 배당소득
과세특례 신설

ㅇ (대상) 주주환원 확대 상장기업*의 개인주주
(비거주자 및 법인주주 제외)

* 법인세 세액공제 대상기업과 동일(➊, ➋ 모두 충족)

- ➊ 「기업가치 제고 계획」을 공시한 법인

- ➋ 주주환원금액이 전년 대비 증가 및 직전 3년 평균대비 5% 이상 증가

ㅇ (과세특례) 주주환원 확대 기업으로부터 지급받은 현금배당(결산·중간·분기배당)의 일부를 분리과세

- (대상 소득금액) 차년도 현금배당
× 분리과세 소득금액 비율*

- (과세방식) 원천징수 세율 14 → 9%로 인하,
종합과세 대상은 25% 분리과세 선택 허용

ㅇ (적용기한) ’28.12.31.

현 행

개 정 안

□ 금융투자상품*으로부터 실현된 소득을
합산과세하는 금융투자소득세 도입

* 주식, 채권, 펀드, 투자계약증권, 파생결합증권,
파생상품 등

□ 폐 지*

* 현행 양도소득세
체계 유지

ㅇ (시행일) ’25.1.1.

현 행

개 정 안

□ 개인종합자산관리계좌(ISA)에
대한 과세특례

ㅇ (가입대상) 15세 이상 거주자
(금융소득종합과세자* 제외)

* 이자·배당소득 합계액 2천만원 초과자

ㅇ (운용자산) 예·적금, 펀드,
국내상장주식, 채권 등

□ 납입한도 및 비과세한도 확대

(일반투자형 ISA)

ㅇ (납입한도) 1억원(연 2천만원)

ㅇ (비과세한도*) 200만원
(서민·농어민형 400만원)

* 한도 초과분은 9% 분리과세

ㅇ 2억원(연 4천만원)

ㅇ 500만원
(서민·농어민형 1천만원)

* (좌 동)

현 행

개 정 안

<신 설>

□ 국내투자형 ISA 신설*

* 일반투자형과 국내투자형 중 1계좌 가입

ㅇ (가입대상) 15세 이상 거주자
(금융소득종합과세자 포함)

ㅇ (운용자산) 국내상장주식, 국내주식형 펀드*

* 국내주식 일정 비율(대통령령으로 위임) 이상 투자

ㅇ (납입한도) 2억원(연 4천만원)

ㅇ (비과세한도*) 1천만원(서민·농어민형 2천만원)

* 한도 초과분은 9% 분리과세

- 단, 금융소득종합과세자는 비과세 없이
14% 분리과세

현 행

개 정 안

□ 배당소득의 범위

□ 조각투자상품으로부터의 이익을
배당소득 범위에 추가

ㅇ 법인 배당·분배금,
집합투자기구로부터의
이익 등

ㅇ (좌 동)