스톡옵션 행사시 근로소득세와 양도소득세중 선택적 과세가 허용돼 벤처기업의 세부담이 완화될 전망이다.

정부는 5일 현오석 부총리 주재로 수출입은행에서 제5차 경제관계장관회의를 개최, 벤처기업의 우수인력 유치를 지원하기 위한 스톡옵션 과세제도 개선방안을 의결했다.

정부는 지난해 8월 스톡옵션 행사시 근로소득으로 과세하는 현행 방식이 근로자에게 과도한 세금부담이 된다는 의견이 있어서 이를 완화하기 위해 3년간 분할납부하는 방안을 마련한 바 있다.

그러나, 동 개선안 이후에도 새누리당 창조경제특위청년특위등에서 스톡옵션에 대한 과세를 취득주식 양도시 과세하는 미국식 방식의 도입이 건의돼왔다.

당초 정부는 그동안 우리나라의 경우 상장주식 양도차익이 대주주에 대해서만 과세되는 등 미국제도와 차이가 있으므로 도입이 어렵다는 입장이었으나, 벤처기업등의 요구가 지속되는 점을 감안해 국세청, 금융기관등과 협의를 거쳐 취득한 주식에 대해서 과세가 가능하도록 스톡옵션을 구분관리 하는 방안을 마련하게 됐다.

개선안을 보면, 근로소득세와 양도소득세 선택적 과세가 허용돼 ‘근로소득세로 과세하는 현행방식’과, ‘적격요건 충족시 주식을 처분할 때 양도소득세로 과세하는 방식’ 중 택일 할수 있다.

적격요건은 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 부여받는 스톡옵션으로 스톡옵션 행사시 부여받은 주식을 1년간 보유하고 연간 행사가액이 1억원 이하여야 한다.

또한 적격요건 충족시 주식을 처분할 때 양도소득세로 과세하는 방식의 경우 행사시점이 아닌 처분시점에 양도세(20%, 중소기업 10%)로 과세하되, 스톡옵션을 부여한 기업에 인건비 손금산입을 인정하지 않게 된다.

반면, 근로소득세로 과세하는 스톡옵션에 대해서는 기업에 손금으로 인정해 세부담을 완화함으로써 벤처기업의 신주발행형 스톡옵션 활용이 지원된다.

정부는 근로소득세와 양도소득세간 선택을 허용하는 조특법 개정안을 2월중 국회에 제출할 계획이다.