국세청이 부동산 등기자료를 분류하는 과정에서 전산 프로그램의 오류 등으로 양도세 신고검증대상에서 6688건이 누락된 것으로 나타났다.
감사원은 지난해 11~12월 국세청을 대상으로 양도소득 과세실태를 점검한 결과 이같은 내용을 비롯해 총 25건의 감사결과를 시행했다고 8일 밝혔다.
감사원에 따르면 국세청은 대법원의 부동산 등기자료를 양도소득세 과세대상인 '개인양도등기'와 다른 세목 과세대상인 '기타등기'로 분류한 뒤 개인양도등기 자료를 바탕으로 양도세 무신고자를 추출하고 있다.
이 과정에서 국세청이 지난 2015년 전산 프로그램 오류 등으로 개인 양도사항을 기타등기로 잘못 분류하는 바람에 양도세 신고검증대상에서 누락된 사례가 총 6688건에 달하는 것으로 확인됐다. 이 가운데 3000여건은 실제로 양도세를 신고하지 않아 세금을 내지 않았다.
평택세무서 등 42개 세무서의 경우 농민이 8년 이상 자경하거나 4년 이상 자경 후 대토(代土·경작 중인 농지를 팔고 새 농지를 취득하는 것)하는 경우 해당 농지에 대한 양도세를 감면해주는 과정에서 자경기간을 잘못 산정해 45억9000만원의 양도세를 부과하지 않았다.
양도세 감면을 위한 자경기간 산정시 농지 경작 외의 사유로 연간 3700만원 이상의 소득을 얻은 기간이나 농어촌공사에 위탁한 기간은 제외해야 하는데도 이를 포함시켜 자경기간을 길게 잡아준 것이다.
이밖에도 서울지방국세청의 경우 A주식회사 비상장주식에 대한 증여세를 과세하면서 증여재산가액을 잘못 평가해 41억6000만원의 증여세를 부족 징수했으며 동수원세무서 등 14개 세무서는 양도세 과세가 이월됐다가 폐업으로 요건이 소멸한 개인사업자들에 대해 양도세 29억6000만원을 덜 걷은 것으로 나타났다.
