자료상 등에 대한 범칙조사를 통해 적발한 세금계산서 수수의무 위반자에 대한 과세자료를 적기에 처리하지 않아 범칙행위에 대한 공소시효가 소멸되는 등 일선세무서의 부실한 과세자료 처리실태가 감사원 감사에서 적발됐다.

감사원이 지난해 6월27일부터 한달간 국세청 및 일선세무서를 대상으로 과세자료 처리 및 활용실태에 대한 감사 결과를 3일 발표한 가운데, 자료상 등 세금계산서 수수의무 위반자에 대한 과세자료 처리를 적기에 처리하지 않은 부실업무가 확인됐다.

현재 일선세무서에서는 세금계산서 수수의무 위반 과세자료가 있는 경우 공소시효(5년) 만료일 전에 조세범칙조사를 실시하거나 현장확인 등으로 사실관계를 확인해 통고처분·고발 및 세목별 경정결정 등 필요한 조치를 해야 한다.

또한 국세청 본청에서는 지난 2016년 11월부터 일선세무서에서 세금계산서 수수의무 위반 과세자료를 공소시효 만료일 전에 처리할 수 있도록 하기 위해 공소시효 만료예정일이 6개월 남은 시점까지 해당 과세자료가 처리되지 않고 있는 경우 처리담당자의 업무망에 ‘공소시효 임박 과세자료’로 표시되도록 NTIS 기능을 개선해 운영하고 있다.

감사원은 이번 감사기간 중 NTIS상 ‘미처리’ 상태로 있는 세금계산서 수수의무 위반 관련 과세자료 가운데 과세기간이 2013년 2기 이전이고 2019년 6월27일 현재 공소시효가 만료된 것으로 추정되는 자료 187건에 대해 점검한 결과 총 28건이 정당한 사유없이 공소시효가 지나도록 조세범칙조사 뿐만 아니라 현장확인조차 하지 않은 것으로 드러났다.

특히 28건 가운데 26건의 경우 국세청 본청이 NTIS 시스템을 개선한 이후에 공소시효가 만료된 것으로 나타났다.

감사원은 NTIS 시스템상 공소시효 만료를 예고한 26건의 과세자료에 대해 조세범칙조사를 실시하지 않은 사유를 별도로 점검한 결과, 공소시효일과 부과제척기간 만료일을 혼동하거나, 관련법령을 잘못 적용해 판단한 것으로 밝혀졌다.

결국, 이들 28개 업체의 경우 세금계산서 수수의무 위반 혐의가 사실로 입증되어도 부가세 부과 외에 통고처분이나 고발 조치 등은 할 수 없게 된 셈이다.

감사원은 이같은 일이 발생하지 않도록 과세자료 처리담당자의 국세행정시스템 세정업무포털 ‘나의 할 일’에 공소시효 만료 전 처리의무를 명확히 하는 문구를 추가하는 등 세금계산서 수수의무 위반 과세자료에 대한 관리강화 방안을 마련토록 요구하는 한편, 일선세무서에서 공소시효가 만료돼 조세범칙처분을 누락하는 일이 없도록 지도·감독을 철저히 할 것을 주의조치했다.