조세심판원, 2년 미만 사용 후 멸실…노후화된 교회 신축 위한 것 '고유사업 인정'

선교사·신도 숙박시설로 이용…종교용으로 직접 사용하지 않아 '취득세 추징'

 

종교단체가 취득한 부동산에 대해서는 기본적으로 취득세가 면제되나, 해당 부동산을 반드시 종교행위에 직접 사용해야 한다는 대전제가 붙는다.

 

반대로 종교단체가 종교행위가 아닌 수익사업 등 다른 용도로 사용할 경우에는 해당 지자체로부터 기존 면제받았던 취득세를 추징당하게 된다.

 

조세심판원은 각각의 종교단체가 부동산을 취득하면서 면제받았던 취득세를 관할 지자체가 추징한데 대해 정반대의 심판결정을 최근 내렸다.

 

A 종교단체의 경우 2021년 경상북도 포항시에 소재한 부동산 11필지와 건물을 취득한 후 직접 사용한 기간이 2년 미만인 건물을 멸실했다.

 

A 종교단체가 취득한 건물은 1982년에 사용 승인된 후 2011년부터 교회로 사용되고 있는 등 40년 이상 사용된 건물로, 유지보수비용이 과대하게 소요됨에 따라 결국 신축하기 위해 멸실했다.

 

그러나 관할지자체인 포항시는 A 종교단체가 해당 부동산 취득 이후 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 멸실한 점을 문제 삼아 기존 감면받은 취득세를 추징했다.

 

이와관련, 지방세특례제한법 제50조 1항 3호에서는 ‘(종교단체가) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에는 면제된 취득세를 추징토록 하고 있다.

 

조세심판원은 그러나 포항시의 과세논지를 지적해, “노후건물을 멸실한 것만으로 다른 용도로 사용한 것으로 보기는 힘들다”며, “쟁점부동산을 멸실한 이유가 교회건물을 신축해 종교용으로 사용한 것으로 보인다”고, 취득세 부과처분이 잘못됐음을 심판결정했다.

 

이와달리, B 종교단체가 선교사 및 신도들에게 숙박지로 제공해 온 부동산에 대해서는 종교행위에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 심판결정이 내려졌다.

 

B 종교단체는 2016년 서울시에 소재한 토지 2필지와 주택을, 3년뒤인 2019년에 토지 1필지와 주택을 각각 취득했으며, 관할 지자체에는 종교단체가 종교행위를 목적으로 직접 사용하기 위해 취득한 부동산으로 신고한 후 취득세를 면제받았다.

 

B 종교단체는 2016년에 취득한 주택은 해외선교본부 총재의 숙소와 회의실로, 2019년에 취득한 주택은 선교사와 교인들의 사무실과 숙소로 각각 사용해 왔다.

 

이후 관할 지자체는 B 종교단체가 보유한 주택의 사용현황을 조사한 결과, 해당 부동산을 종교용으로 직접 사용하지 않고 선교사 및 신도들의 숙박시설로 사용한 것으로 보아 이미 면제한 취득세를 추징했다.

 

이와관련, 지방세특례제한법 제50조 1항 2호에서는 ‘(종교단체가) 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과 할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는 경우’ 면제된 취득세를 추징토록 하고 있다.

 

조세심판원은 쟁점 주택을 종교단체의 대표가 아닌, 대표선교사와 일반 선교사 및 신도들이 사용한 점에 주목했다.

 

조세심판원은 “종교단체의 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자(대표이사)가 사용하며 불가피한 사유로 인해 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한해 비과세 대상으로 인정해야 한다”며, “선교사는 교육과 훈련을 받는 대상자일 뿐, 종교단체의 의사결정이나 운영 등을 담당하지는 않는다”고 보았다.

 

이에따라 “쟁점주택은 대표선교사와 선교사 및 신도들이 숙박하는 곳일 뿐, 종교용으로 직접 사용했다고 보기 힘들다”고, 지자체의 취득세 추징처분이 합당함을 심판결정했다.