사업자등록은 '배우자 단독명의' 지자체 등록은 '부부 명의' 

조세심판원 "사업자등록 방법 별도 제한 안해…거주주택 양도시 비과세"

사업자등록 명의와 민간임대주택 등록명의가 다른 장기임대주택을 가진 1주택자가 거주주택을 양도해도 1세대 1주택 양도소득세 비과세가 적용된다는 심판 결정이 내려졌다.

조세심판원이 23일 공개한 2024년 4분기 주요 심판결정에 따르면, 청구인 A씨는 배우자와 공동 소유한 주택을 임대하면서 당초 관할 세무서에 공동명의로 된 사업자등록을 배우자 단독 명의로 변경했다. 관할 지방자치단체에는 공동 명의로 민간임대주택 등록했다.

이후 청구인 A씨는 자신이 단독 소유하던 거주주택을 양도한 후, 임대주택을 특례가 적용되는 장기임대주택으로 보아 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세를 적용해 양도소득세 예정신고를 했다.

그러나 과세관청은 A씨가 관할세무서에 한 사업자등록에는 배우자와 임대주택을 공동 소유한 것과 다르게 배우자 단독명의로 등록돼 있어 소득세법상 인정되는 사업자등록으로 볼 수 없다며 특례 요건을 갖추지 못한 임대주택으로 보고, 양도한 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과했다.

이와 관련 소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호는 양도일 현재 소득세법에 따른 사업자등록을 하는 등 일정 요건을 갖춘 장기임대주택을 임대하는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우, 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용하도록 하는 특례를 규정하고 있다.

조세심판원은 “소득세법 규정에서 공동 소유 주택의 임대 시 사업자등록의 방법을 별도로 제한하고 있지 않으므로 청구인 배우자 단독명의의 사업자등록이 소득세법을 위반한 사업자등록이라 단정하기 어렵다”고 판단했다.

또한 “과세관청 스스로 공동사업자로 등록돼 있던 것을 배우자 단독대표자로 변경한 사업자등록증을 교부했던 점 등에 비춰 청구인의 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택으로 비과세를 적용하는 것이 타당하다”고 심판 결정을 내렸다.