법인 보유주택 종부세 최고 단일세율 적용…공공주택사업자 등 신청땐 일반 누진세율

건설임대주택 합산배제 공시가격 기준, 6억원 이하→9억원 이하로 완화

부부공동명의 1주택자, 1세대 1주택자 과세특례 신설…홈택스 통해 유·불리 따져야

합산배제·과세특례 적용 받았어도 요건 미충족시 경감세액·가산세 추가납부

 

오는 11월 종합부동산세 정기고지를 앞두고 이달 16일부터 30일까지 합산배제 및 과세특례 신고 및 신청기간이 운영된다.

 

이번 신고기간 동안 합산배제를 신청할 수 있는 대상은 일정요건을 갖춘 임대주택, 사원용 주택, 주택건설업자가 취득한 주택 신축용 토지 등이다.

 

 

최초로 합산배제 신고를 하거나 추가로 합산배제 대상에 포함하려는 물건이 있는 경우 대상물건을 추가신고해야 하며, 기존에 합산배제 신고서를 제출한 사실이 있는 납세자는 변동사항이 없으면 별도 신고할 필요는 없으나 소유권 및 면적 등에서 변동이 있을 경우에는 변동내역을 반영해 신고하면 된다.

 

또한 임대등록이 말소됐거나 임대료를 5% 초과해 갱신하는 등 합산배제 요건을 충족하지 못했다면 제외신고를 해야 한다.

 

올해부터 종부세 합산배제 신고의 경우 지난해 7·10 대책 이후 민간임대주택에 관한 특별법이 개정됨에 따라 단기임대 및 장기일반 아파트 매입임대주택 유형이 폐지됐다.

 

 

이에 따라 폐지유형에 해당돼 임대주택이 자동말소됐거나, 자진말소를 신청해 의무임대기간 요건을 충족하지 못한 경우에는 기존에 감면받은 종부세는 추징하지 않는다. 다만, 기존 합산배제 신고된 임대주택이 올해 6월1일 현재 등록말소된 경우에는 합산배제 제외 신고를 해야 한다.

 

또한 지난해 7월11일 이후 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 등록신청한 아파트(매입임대)는 합산배제를 적용받을 수 없으며, 장기일반민간임대주택의 경우 지난해 8월18일 이후 신규등록분부터 합산배제 의무 임대기간이 종전 8년에서 10년으로 연장된다.

 

올해부터는 법인에 대한 종부세 과세가 강화돼, 법인 등이 지난해 6월18일 이후 임대등록 신청한 조정대상지역내 장기일반민간 매입임대주택(건설임대주택 제외)은 합산배제를 적용받을 수 없다.

 

이에 따라 법인이 주택취득 시기와 상관없이 2020년 6월18일 이후 조정대상지역내 소재한 주택을 장기일반민간임대주택으로 등록 신청했더라도 합산배제 적용이 불가능하다.

 

다만, 개인의 경우 2018년 9월13일 이전에 주택을 취득(계약)한 경우에는 장기일반민간임대주택 등록시 조정대상지역 소재 여부를 불문하고 합산배제가 가능하며, 2018년 9월14일 이후에는 조정대상지역 공고일 이전에 취득(계약)한 경우에만 장기일반민간임대주택 등록시 합산배제가 가능하다.

 

신탁재산 납세의무자도 변경돼, 지난해말 종부세법 개정으로 신탁재산의 납세의무자가 종전 수탁자에서 위탁자로 변경됐다.

 

이에 따라 합산배제 신고 또한 올해부터는 납세의무자인 위탁자가 해야 하며, 합산배제 요건은 종전과 같이 위탁자를 기준으로 판단한다. 다만, 종전 납세의무자인 수탁자 명의로 이미 합산배제 신고된 물건은 별도로 신고하지 않아도 작년과 동일하게 합산배제가 적용되며, 기존 신고사항에 변동내역이 있다면 위탁자는 변동내역을 신고해야 한다.

 

이외에도 종부세 시행령 개정으로 올해 2월27일 이후 신규 임대등록한 건설임대주택의 합산배제 공시가격 기준이 6억원 이하에서 9억원 이하로 완화됐다.

 

특히 올해부터는 부부 공동명의 1주택자도 1세대 1주택자 계산방식을 신청할 수 있는 특례가 신설됐다.

 

 

신청대상은 과세기준일인 올해 6월1일 현재 거주자인 부부가 1주택만을 공동으로 소유하고, 다른 세대원은 주택을 소유하지 않아야 한다. 납세의무자는 부부 가운데 보유 지분율이 큰 자가 납세의무자가 되며, 지분율이 동일한 경우에는 선택할 수 있다.

 

이외에도 향후 지분율 변동으로 납세의무자가 변경되는 경우에는 부부 공동명의 1주택자 과세특례 변경 신청을 해야 하며, 보유지분율이 동일해 최초 신청시 납세의무자를 선택한 경우에도 다음연도 변경신청할 수 있다.

 

다만, 부부 공동명의 과세특례를 신청한 경우 홈택스에 게시된 간이세액계산 프로그램을 참고해 1세대 1주택자 계산방식이 유리한 경우에만 신청해야 한다.

 

다음은 부부 공동명의 특례 적용시와 미적용시 차이점.

구 분	특례 적용(’21.6.1.기준 판단)	특례 미적용
납세의무자	지분율이 큰 자(같은 경우 선택)	각각 납세의무자
공제금액	11억원	각각 6억원씩
세액공제	가능*(최대 80%, 납세의무자 연령 및 보유기간 기준)	불가능

*연 령 : 만60세 이상(20%), 만65세 이상(30%), 만70세 이상(40%)

보유기간 : 5년 이상(20%), 10년 이상(40%), 15년 이상(50%)

 

한편, 국세청은 올해 11월 종합부동산세 정기고지에 반영하기 위해 합산배제 및 과세특례 적용이 예상되는 46만여명에게 신고(신청)안내문을 발송했다고 14일 밝혔다.

 

안내문이 발송된 대상자들은 합산배제 신고대상 29만6천614명, 부부 공동명의 1주택자 과세특례 대상 12만8천292명, 자진·자동말소 임대주택 3만2천820여명이다.

 

안내문을 받는 납세자들은 9월16일부터 30일까지 홈택스 또는 서면으로 합산배제 및 과세특례를 신청해야 한다.

 

국세청은 합산배제를 신고한 물건에 대해서는 오는 11월 종합부동산세 정기고지시 과세대상에서 제외하며, 부부 공동명의 1주택자 과세특례를 신청한 납세자에게도 1세대 1주택 계산방식을 적용한 세액을 부과한다.

 

특히 올해부터 법인 또는 법인으로 보는 단체가 보유한 주택에 대해서는 종합부동산세 계산시 최고 단일세율(3%, 6%)이 적용되고 기본공제 및 세부담 상한 적용이 배제되나, 시행령에서 지정한 일부 법인에 대해서는 신청에 따라 개인과 동일하게 일반 누진세율과 6억원 기본공제 및 세부담 상한이 적용된다.

 

이와 관련, 종부세 시행령에서 지정한 일반 누진세율이 적용되는 법인으로는 △공공주택 특별법 제4조1항에 따른 공공주택사업자 △상속세 및 증여세법 제16조1항에 따른 공익법인 등 △주택법 제2조제11호에 따른 주택조합 △도시 및 주거환경정비법 등에 따른 사업시행장 △민간임대주택에 관한 특별법상 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자(매입임대주택을 함께 임대하는 사업자는 제외) 등이다.

 

해당 법인은 이달 30일까지 합산배제를 신청해야 하며, 신청 주기 또한 매년 재신청해야 일반누진세율이 적용된다.

 

이외 향교재단 및 종교단체 명의로 등기된 부동산의 공부상 명의자와 실질소유자가 다른 경우에는 실질소유자를 기재해 과세특례 신고서를 제출하면 실질소유자에게 해당 부동산에 대한 종부세가 부과된다. 이 과정에서 신고는 공부상 명의자인 향교재단 등에서 일괄로 신고하면 되고, 개별단체는 별도로 신고할 필요는 없다.

 

 

국세청은 이번 종부세 합산배제 및 과세특례 신고(신청)기간을 맞아 홈택스를 통해 편리하게 신고할 수 있도록 미리채움 서비스를 제공 중으로, 납세자는 신고에 필요한 부동산 명세를 조회하고 내려받을 수 있으며 미리채움 서비스를 활용해 보다 쉽게 전자신고할 수 있다.

 

서면으로 신고·신청하는 경우에는 홈택스 또는 세무서에 신고서식을 제공받아 작성할 수 있으며, 궁금한 사항은 국세청 누리집(www.nts.go.kr)에 게시된 합산배제, 부부공동명의 1주택자 및 향교·종교재단 과세특례 전자신고(신청) 안내 동영상을 참조하거나, 안내문에 기재된 각 세무서 담당자 또는 국세청 국세상담센터에 문의하면 된다.

 

국세청 관계자는 “합산배제 및 과세특례를 적용받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감받은 세액과 가산세 등을 추가 납부해야 한다”며 “납세자가 보다 꼼꼼하게 성실하게 신고해 줄 것”을 당부했다.