2025년 세제개편 후속 시행령 개정안 수정안 의결 '다주택자 양도세 중과 유예 종료' 시행령 개정안도 5월9일 다주택자 양도소득세 중과 유예를 종료하는 소득세법 시행령 개정안이 국무회의를 통과했다. 또한 10년 이상 임대한 장기일반민간임대주택에 대한 장기보유특별공제 산정방식이 '취득 시점부터 임대종료일까지 발생한 전체 양도차익'이 아닌 '실제 임대기간 중 발생한 양도차익'으로 명확하게 규정된다. 재정경제부는 24일 국무회의에서 이같은 내용의 2025년 세제개편 후속 시행령 개정안 수정안과 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료 등을 담은 시행령 개정안이 의결됐다고 밝혔다. 이번 개정안 수정안은 10년 이상 임대 후 장기일반민간임대주택을 양도할 때 적용되는 70% 장기보유특별공제율 계산방식을 명확하게 규정했다. 기존에는 취득 시점부터 임대종료일까지 발생한 전체 양도차익을 기준으로 계산했는데, 실제 임대기간 중 발생한 양도차익으로 범위를 명확히 규정했다. 앞서 정부는 지난 1월16일 발표한 시행령 개정안에 대해 법제처 심사와 입법예고, 부처협의를 거쳤다. 이 과정에서 제기된 이해관계자 등 의견과 추가 발표된 정책 내용을 반영해 일부 내용을 수정했다. 또한 지난 12일 발표한 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료 및 관련 보완 내용을 반영한 소득세법 시행령 개정안 등도 함께 통과됐다. 유류세 한시적 인하조치를 2개월 연장하는 개별소비세법 시행령 개정안 및 교통·에너지·환경세법 시행령 개정안도 의결됐다. 이날 국무회의를 통과한 시행령 개정안은 오는 27일 공포될 예정이다. 다음은 2025년 세제개편 후속 시행령 개정안 주요 수정사항이다. 1. 소득세법 시행령 □ 폐업 개사육농가에 대한 한시적 비과세 범위 확대(소득령 별표1) 당 초 안 수 정 안 □ 농가부업규모 축산 비과세 대상 추가 □ 비과세 범위 확대 ㅇ 개 400마리(단, ‘27년말까지 발생하는 소득으로 한정) ㅇ 400 → 500마리 <수정이유> 부처협의 결과 반영 2. 상속세 및 증여세법 시행령 □ 공익법인으로 인정되는 종교단체 범위 합리화(상증령 §12(1)) 당 초 안 수 정 안 □ 공익법인에 해당하는 종교사업 범위 조정 □ 적용시기 조정 ㅇ 비영리내국법인·거주자가 운영하는 종교의 보급 기타 교화에 기여하는 사업 (외국법인·비거주자의 종교사업 제외) ㅇ (좌 동) ※ (적용시기) 영 시행일이 속하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용 ※ (적용시기) 영 시행일 이전 출연 재산에 대하여는 종전 규정 적용 <수정이유> 적용범위 명확화 3. 종합부동산세법 시행령 □ 임대주택 합산배제 임대사업자 요건 완화(종부령 §3①) 당 초 안 수 정 안 □ 합산배제 임대주택 임대사업자 요건 완화 □ 적용시기 조정 ㅇ ｢민간임대주택법｣ 제2조 제7호에 따른 임대사업자 ㅇ ｢소득세법｣ 제168조 또는 ｢법인세법｣ 제111조에 따른 사업자등록 ㅇ (좌 동) ※ (적용시기) 영 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용 ※ (적용시기) 영 시행일 이후 신고, 결정, 경정하는 분부터 적용 <수정이유> 부처협의 결과 반영 4. 조세특례제한법 시행령 장기일반민간임대주택 장기보유특별공제 산정방식 명확화(조특령 §97의3) 당 초 안 수 정 안 □ 장기일반민간임대주택 장기보유특별공제율 우대 □ 계산방법 합리화 ㅇ (내용) 10년 이상 임대 후 양도시 임대기간 중 양도차익에 70% 장특공제율 적용 ㅇ (좌 동) ㅇ (양도차익 계산) 취득시부터 임대종료일까지 발생분  양도차익 x( 임대 종료일 기준시가 - 취득시 기준시가 ) 양도시 기준시가 - 취득시 기준시가 ㅇ 임대기간중 발생분으로 규정  양도차익 x( 임대 종료일 기준시가 - 임대 개시일 기준시가 ) 양도시 기준시가 - 취득시 기준시가 <수정이유> 계산방법 명확화 고배당기업 배당소득 분리과세 관련 대상 및 절차 마련(조특령 §104의24) 당 초 안 수 정 안 □ 고배당기업의 공시방법 □ 공시방법 변경 ㅇ ｢자본시장법｣상 공시 절차 준용 ㅇ ｢기업가치 제고계획｣ 공시 ※ 금융위ㆍ거래소는 기업들이 약식으로 공시(‘26년 한정)할 수 있도록 간이서식(예시)을 배포할 계획 <수정이유> 부처협의 결과 반영 5. 국세징수법 시행령ㆍ관세법 시행령 □ 고액상습체납자 명단공개 제외 요건 합리화(국징령 §105, 관세령 §141의5①) 당 초 안 수 정 안 □ 명단공개 제외 대상 확대 □ 납부비율 계산방식 명확화 ㅇ 체납액 납부비율(B/(A+B))이 50% 이상인 경우 - (A) 명단공개 연도 직전 년도말 당시 체납액 - (B) 명단공개 연도의 전전년 1월 1일부터 국세(관세)정보위원회 개최일 전일까지 납부한 체납액 ㅇ (B+C)/(A+B) - (좌 동) - (B) 명단공개 연도 직전 2개연도 동안 납부한 체납액 - (C) 명단공개 연도 1월 1일부터 국세(관세)정보위원회 개최일 전일까지 납부한 체납액 <수정이유> 고액상습체납자 명단공개 제외 요건 명확화