국세행정 전반에 중대한 영향을 미치는 세법해석 관련 소송이 제기된 사실도 모른 채 있다가 대법원 확정판결로 대규모 경정청구가 예상되자 뒤늦게 동일쟁점에 대한 유사사건을 소송으로 유도해 대처한 어처구니없는 일이 감사원 감사에서 드러났다.

감사원은 6일 '반복적 조세불복사건 처리 실태'에 대한 감사결과를 발표했다.

감사결과, 2011년 7월 '명의신탁 상태에서 포괄적 주식교환으로 취득한 신주에 대해 재차 증여세 과세가 가능한지 여부'에 대한 소송이 제기됐으나 국세청은 본청이 지도 감독해야 할 세법해석 관련 소송이었음에도 불구하고 이를 인지하지도 못했다. 소송은 서울지방국세청이 독자적으로 수행하던 중 1심에서 패소한 후 항고를 포기했다.

그러나 동일쟁점에 대한 소송이 다시 제기돼 1․2심에서 패소한 후 상고를 제기하자, 그때서야 본청이 나서 관리대상으로 선정하고 과세근거 등을 보강․대응해 승소로 이끌었다.

또한 2013년 2월 '중국으로부터 수취한 배당소득에 대한 간주 외국납부세액 공제 여부가 쟁점이 된 소송'이 제기됐지만, 이 사건 역시 본청이 인지하지 못한 채 소송지도 없이 서울청이 단독 수행했다. 이 사건은 2014년 10월 대법원의 심리불속행 판결로 국세청이 패소했다.

국세청은 대법원의 심리불속행 판결 이후 동일쟁점으로 3천여억원에 달하는 대규모 경정청구가 예상되자 그때서야 관리대상으로 선정해 대처에 나섰다. 결국 일선세무서로 하여금 경정청구를 거부처분하도록 해 소송으로 유도한 후 일부 승소를 이끌어 내고 있다.

감사원은 "관련규정에 따르면, 본청은 세법해석 관련 소송사건에 대해서는 각 지방국세청으로부터 관련 소송내용 및 월별 진행상황을 직접 보고받아 진행상황을 관리하는 한편 해당사건을 지도대상으로 분류해 본청에서 소송수행을 지도하도록 돼 있다"고 지적했다.

감사원은 "세법해석과 관련해 판례가 형성되지 않은 새로운 쟁점의 소송사건이 본청의 지도대상에서 누락되는 일이 없도록 본청의 조세불복 사건관리 및 대응체계를 개선하는 방안을 마련하라"고 국세청에 통보했다.