기획재정부는 20일 종교인소득 중 비과세소득인 종교활동비를 종교단체의 지급명세서 제출항목에 추가하는 내용의 '소득세법시행령' 개정안을 추가 입법예고했다.

지급명세서는 납세자(종교인)에게 소득을 지급한 자(종교단체)가 종교인 개인별로 지급한 소득명세를 연 1회(다음연도 3월10일) 관할 세무서에 제출하는 서류다.

이번 시행령 개정안은 22일 차관회의, 26일 국무회의를 거쳐 연내 공포될 예정이다.

종교인소득 과세는 1968년 처음 논의된 이후 2013년 정부가 법안을 국회에 제출해 2년여간 논의를 거쳐 2015년 입법돼 2년 유예 후 내년 1월1일 시행이 예정돼 있다.

그러나 법 시행을 앞두고 종교인 과세 시행을 위한 준비부족과 종교활동 위축 우려 등을 들어 시행을 다시 유예해야 한다는 의견이 제기됐다.

세무조사의 경우에도 2015년 통과된 소득세법상 종교단체의 장부·서류 중 종교인소득과 관련된 부분에 한해 조사․제출을 명할 수 있도록 규정돼 있으나, 종교단체 장부에는 종교인에게 지급한 금액과 종교활동 관련 지출이 혼재돼 있어 종교인소득에 한정해 조사하는 것이 어렵다는 우려 또한 제기됐다.

이에 기획재정부는 종교계 지도자 예방 등 종교계와의 지속적인 소통을 통해 보완방안을 마련, 지난달 30일 소득세법 시행령 개정안을 입법예고했다.

개정안의 주된 내용은 종교단체의 규약이나 의결기구의 의결 등으로 결정된 기준에 따라 종교활동에 사용하기 위한 목적으로 종교인에게 지급된 금액(종교활동비)은 비과세하고, 종교단체 회계는 세무조사 대상에서 제외됨을 명확히 하기 위해 종교인회계와 종교단체회계를 구분 기장하도록 했다.

그러나 입법예고 과정에서 종교활동비 비과세 및 종교단체회계에 대한 세무조사 제한이 일반 납세자와 형평이 맞지 않다는 의견이 많이 제기됐다.

이에 기획재정부는 종교활동비는 개인의 생활비가 아닌 주로 자선.사회적 약자 구제 및 교리 연구 등 종교 본연의 활동에 사용되는 비용이라는 측면을 감안해 비과세를 유지하되, '신고 등 납세협력의무'는 일반 납세자와 유사한 수준이 되도록 종교인소득 중 비과세소득인 종교활동비 지급액도 신고(지급명세서 제출)는 하도록 하는 수정안을 마련하게 된 것이다.

다만 종교단체회계에 대한 세무조사는 종교인소득에 한해 조사하도록 규정한 소득세법의 취지를 감안해 당초 입법예고안을 유지하기로 했다.

기획재정부는 내년 2월부터 납세절차 불편 및 세무조사 관련 애로사항 청취.해소를 위해 '종교계와의 협의체'를 구성.운영해 과세 시행 이후에도 개선방안을 지속 논의해 보완해 나갈 예정이라고 밝혔다.