국세청이 지난 3년 동안 가산세 중복적용 배제 규정을 무시한 채 28억7천여만원의 가산세를 더 부과한 것으로 밝혀졌다.

감사원이 23일 공개한 국세청 본청 기관운영감사 결과보고서에 따르면, 2016년부터 2018년까지 종합소득세 가산세 5천만원 이상인 1만2천200건 중 중복부과된 288건을 점검한 결과, 178건에서 28억8천여만원의 가산세가 중복 부과됐다.

잠실세무서는 지난 2016년 납세자 A씨의 2012년 귀속 종합소득세를 신고하지 않은 데 대해 종합소득세를 결정·고지하면서 무신고가산세와 성실신고확인서 미제출 가산세 중 가산세액이 컸던 무신고 가산세만 부과해야 함에도 성실신고확인서 미제출 가산세까지 중복해 5천300여만원을 부과했다.

또 부천세무서는 지난 2017년 납세자 B씨의 2012년 및 2013년 귀속 종합소득세 과세자료를 처리하면서 과소신고 가산세와 무기장 가산세 금액이 같은 경우에는 과소신고 가산세만 부과해야 함에도 무기장 가산세를 중복 부과해 2억여원을 더 부과했다.

시흥세무서도 지난해 납세자 C씨의 2016년 귀속 종합소득세 기한 후 신고내역을 검토하면서 무기장 가산세와 성실신고확인서 미제출 가산세를 중복 적용해 기한 후 신고했으나 관련세액을 납부하지 않아 이를 결정하는 과정에서 중복신고된 가산세 중 큰 금액인 무기장 가산세만 부과해야 함에도 성실신고확인서 미제출 가산세까지 840여만원을 더 부과했다.

이처럼 국세청은 세원관리 과정에서 66건에 대해 가산세를 중복 부과해 14억4천여만원을 더 부과했다.

세무조사 과정에서 가산세를 중복 부과한 경우도 많았다.

대전지방국세청은 지난 2016년 납세자 D씨의 2014년 귀속 종합소득세 관련 세무조사 결과, 과소신고 가산세와 성실신고확인서 미제출 가산세 중 가산세액이 컸던 과소신고 가산세만 부과해야 함에도 성실신고확인서 미제출 가산세까지 중복해 7억7천여만원을 부과했다.

삼성세무서도 지난 2016년 납세자 E씨의 2014년 귀속 종합소득세 관련 세무조사를 하고 그 결과에 따라 가산세를 부과하면서 과소신고 가산세와 성실신고확인서 미제출 가산세 중 가산세액이 컸던 과소신고 가산세만 부과해야 하는데 중복해 6천200여만원을 더 부과했다.

이처럼 세무조사 과정에서 112건에 대해 14억4천여만원의 가산세를 과다 부과한 것으로 드러났다.

감사원은 지방청과 세무서가 가산세를 중복 적용해 과다 부과한 금액에 대해 환급하는 방안을 마련하라고 통보하고, 가산세 부과 업무에 대한 지도.감독을 철저히 하라고 주의 조치했다.

한편 국세기본법에 따르면, 무기장 가산세나 성실신고확인서 미제출 가산세가 동시에 적용되는 경우에는 그중 가산세액이 큰 가산세만 적용하고, 가산세액이 같은 경우에는 무신고 가산세나 과소신고 가산세만 적용하도록 돼 있다.