앞으로 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 받으려는 기업들이 있다면 내달에 꼭 챙겨야 할 제도가 있다. 바로  국세청의 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 사전심사제도다.

 

국세청은 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 사전심사를 받으려는 기업은 2월에 미리 신청해 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영해 달라고 25일 안내했다.

 

기업이 사전심사 결과에 따라 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.

 

다음은 국세청이 밝힌 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 관련 자주 묻는 질문 및 답변이다. 

 

- 연구·인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 반드시 사전심사를 신청해야 하나?

"아니다. 사전심사 제도는 사전심사를 신청한 납세자에 대해 세액공제의 적정 여부를 사전에 확인해 주는 제도로서 기업의 성실신고를 지원하기 위해 도입됐다. 따라서, 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다."

 

- 사전심사는 언제까지 신청해야 하나?

"법인세(소득세) 신고 전까지 신청할 수 있다. 다만, 법인세 신고기간인 3월에는 신청이 집중되면 심사가 지연될 수 있으므로 가급적 2월에 미리 신청하는 것이 좋다. 신고시 세액공제를 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 신청할 수 있다."

 

- 예상 처리기간은 어떻게 되나?

"특별한 사유가 없는 한 2주 이내 처리하고 심사결과를 통보한다. 다만, 법인세 신고기간인 3월에 신청이 집중되거나 연구·개발활동에 대한 자료의 보완이 필요한 경우 등 불가피하게 처리가 지연될 수 있다. 신고기한까지 심사 결과를 받지 못해 세액공제를 신고하지 않은 신청인에 대하여는 심사 결과에 따라 경정청구를 안내해 신청인의 불편을 최소화하고 있다."

 

- 연구·인력개발비로 이미 지출한 비용에 대하여만 사전심사를 신청할 수 있나?

"아니다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 가까운 장래에 지출할 것이 확실한 비용, 전체 비용 중 일부 항목, 전체 연구과제 중 일부 과제에 대하여도 신청할 수 있다."

 

- 심사 과정에서 현장확인을 실시하는 경우도 있나?

"사전심사 제도는 원칙적으로 신청인이 제출한 서류를 바탕으로 비대면 서면심사로 진행한다. 다만, 현장을 보지 않고서는 사실관계를 확인할 수 없는 부득이한 경우에 한해 신청인과 협의를 통해 최소한으로 현장확인을 실시하고 있다."

 

- 사전심사 결과에 이의가 있는 경우에는 어떻게 하나?

"1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다. 이 경우 심사의 공정성을 위해 심사담당자를 변경하여 기술 및 비용검토를 진행하고 있다."

 

- 사전심사를 신청할 때 기술 관련 중요서류를 제출하게 되는데, 이에 대한 보안관리는 어떻게 하나?

"신청인이 제출한 정보에 대한 접근 권한을 심사부서 담당자로 제한하고 엄격한 내부통제를 통해 철저히 관리·감독하고 있다.

 

또한, 신청인에게 영업비밀 등 경영상 민감한 중요 정보는 제거하거나 마스킹 처리하도록 안내하고 있으며, 신청인은 심사담당자가 세법에 따른 요건에 맞는지 판단할 수 있는 최소한의 자료만 제출하면 된다.