국세청은 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도를 신청하려는 법인은 법인세(소득세) 신고 전까지 신청해야 한다고 25일 안내했다. 

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도는 국세청이 사전심사를 신청한 연구·인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토해 사전에 확인해 주는 제도다.

 

연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청간 이견이 종종 발생하는 연구·인력개발비 세액공제에 대해 사전심사를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 기업이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하기 위해서다.

 

다음은 25일 국세청이 밝힌 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 사례다. 

 

소프트웨어를 연구·개발하는 A법인. 연구전담부서를 등록후 새로운 연구과제를 수행하면서 개발 경력을 보유한 비전공 전담 연구원의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제가 가능한지를 물었다. 

 

전담연구원 중 갑과 을은 소프트웨어 관련 기술자격증을 보유하고 관련 경력이 있는 연구원이지만, 소프트웨어 개발과 무관한 학과를 졸업했기 때문이다. 

 

국세청은 심사 결과 갑과 을을 연구전담부서에서 연구를 직접 참여하는 전담연구원으로 판단, 세액공제를 인정했다. 세액공제 대상 인건비는 전담부서 등에서 근무하는 직원으로서 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 않는 사람의 인건비를 말한다. 

 

 

B법인은 정부기관의 국책연구과제를 수행하면서 연구개발비로 국고보조금으로 받은 수십억원과 자체 부담금을 지출했다. 

 

B법인은 이후 정부출연금과 자체부담금을 지출한 비용 중 정부로부터 지급받은 출연금은 연구개발비 세액공제 배제하고, 민간부담금에 대해 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 신청했다. 

 

국세청은 연구개발 과정에서 법인이 자체 부담한 금액이 세액공제 대상비용의 지출에 해당한다고 보고 연구·인력개발비 세액공제를 인정했다. 이와 관련, 국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 경우는 세액공제 대상에서 제외되나, 기업이 부담한 민간부담금은 공제 가능하다.  

 

동력장치를 개발하고 신제품을 제작하던 C법인은 원자재 구매비용 수십억원을 연구용 재료비로 분류해 세액공제를 신청했다. 그러나 원자재 구매비용 중 수억원은 연구전담 부서 등에서 연구용으로 직접 사용하지 않고 신제품 생산에 바로 사용된 것으로 확인됐다.

 

국세청은 연구용으로 직접 사용하지 않고 신제품 생산에 바로 사용된 원자재 구매비용 수억원은 연구개발비 세액공제 대상 재료비로 불인정했다. 세액공제 대상 재료비는 전담부서 등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류 구입비를 말하기 때문이다.