올해부터 사전심사 제출서류 10종으로 간소화
연구노트 작성방법 홈페이지 게시…사전심사 가이드라인 발간
12월 결산법인 2월에 신청하면 심사결과 조기 통보로 3월 법인세 신고시 반영

 

사후관리대상 제외 및 과소신고 가산세가 면제되는 연구·인력개발비 사전심사제도가 올해부터 한층 간소화된다.

 

국세청은 지난 2020년부터 도입해 시행 중인 연구·인력개발비 사전심사제도의 기업부담을 덜기 위해, 올해부터 급여대장 등 공제대상임을 증명하는 필수서류 10개로 제출서류를 간소화하는 한편, 공제 신청시 반드시 제출해야 하는 연구노트 작성방법도 누리집에 게재한다고 25일 밝혔다.

 

 

국세청은 사전심사를 진행하면서 국세청 업무담당자별로 요구하는 증빙서류가 다르고 범위 또한 너무 많다는 기업관계자들의 고충을 반영해 ‘공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류’의 경우 사전심사에 필요한 10개 서류로 한정해 운영키로 했다.

 

내국인이 연구·인력개발비 세액공제를 받기 위해선 연구개발계획서와 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 작성해 5년간 보관해야 하는 가운데, 국세청은 연구노트 작성사례를 누리집에 게시한다.

 

또한 지난 2년간 수행한 사전심사 결과를 바탕으로 이달말에 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인’을 발간할 예정으로, 세액공제 인정·불인정 사례도 포함해 납세자들이 세액공제 가능 여부를 보다 쉽게 판단할 수 있을 전망이다.

 

앞서 국세청은 기업들의 연구·인력개발비 세액공제 대상 여부의 불확실성을 해소하고 기업이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하기 위해 2020년부터 사전심사제도를 운영 중이다.

 

도입 초기인 2020년 사전심사 신청 기업은 1천547건에 불과했으나, 한해 뒤인 2021년에는 2천322건으로 크게 늘어나는 등 기업들로부터 큰 호응을 받고 있다.

 

이처럼 연구·인력개발비 사전심사제도가 인기를 끄는 데는 다양한 혜택이 주어지기 때문으로, 납세자가 사전심사 결과에 따라 세액공제 혜택을 반영해 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다.

 

또한 세무조사를 통해 당초 사전심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도, 과소신고 가산세가 면제되는 혜택을 받게 된다.

 

다만, 이같은 혜택을 받기 위해선 사전심사시 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락이 없어야 하며, 탈루 혐의가 있는 경우에도 제외된다.

 

이처럼 사전심사제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담도 덜 수 있는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있다.

 

 

신청기한은 법인세 또는 소득세 신고 전까지 신청할 수 있으며, 신고시 연구·인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고전까지 신청할 수 있다.

 

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 세무서 민원봉사실·지방청 법인세과 등 방문접수를 통해 신청할 수 있으며, 연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용 뿐만 아니라 지출예정 비용도 신청이 가능하고, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서도 신청할 수 있다.

 

신청시 제출해야 하는 서류로는 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류 등이다.

 

다만, 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 경우에는 심사에서 제외될 수 있다.

 

사전심사는 납세자가 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고가 가능하다.

 

국세청이 납세자가 사전심사를 신청한 경우 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하게 된다.

 

기술검토의 경우 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조제1항의 연구개발에 해당하는지 여부를 검토하며, 비용검토에서는 신청인이 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제대상 금액 여부를 심사하게 된다.

 

신청인의 심사를 진행하는 관할구역도 구분돼, 기술검토 분야에서 신성장·원천기술·국가전략기술 등은 한국산업기술진흥원이, 일반 연구·인력개발비는 국세청이 각각 담당하며, 비용검토는 국세청이 모두 심사를 진행한다.

 

또한 기업규모 별로 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다.

 

 

심사는 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 하나, 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있으며, 신청인이 심사 결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다.

 

국세청 관계자는 “12월 결산법인의 경우 가급적 2월에 미리 신청하면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다”며 “앞으로도 사전심사제도가 기업의 성실신고를 지원하고 연구·인력개발투자를 통해 건실한 성장을 하는데 도움이 되도록 하겠다”고 제도 운영 계획을 밝혔다.