지난해 연구·인력개발비 세액공제 사전심사에 2천504건 신청

고객사 납품계약 조건 충족 위한 활동도 '연구개발' 해당

 

지난해 국세청의 연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도 신청 건수가 2천504건으로 집계되는 등 2020년 제도 시행 이후 꾸준히 늘고 있는 것으로 나타났다.

 

연구인력개발비 세액공제는 납세자가 쉽게 판단하기 어렵고, 납세자와 과세관청 간에도 이견이 존재하는 경우가 다수다. 이 때문에 선의의 납세자가 세액공제 대상에 해당한다고 생각해 세액공제를 신청했지만, 이후 세무조사나 사후관리를 통해 세액공제 대상이 아닌 것으로 판명돼 공제세액은 물론 가산세까지 추징되는 사례가 빈번하다.

 

국세청은 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 안심하고 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 사전심사 제도를 통해 지원 중으로, 기업이 사전심사 결과에 따라 신고할 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외하고, 심사 결과와 달리 과세처분시에도 가산세를 면제하고 있다.

 

이처럼 세무 리스크를 크게 감소시킬 수 있는 국세청 연구·인력개발비 세액공제 사점심사제도는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있다.

 

신청대상은 여러 가지 연구과제가 있는 경우 각각의 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발 활동 해당 여부 심사만 별도로 신청 가능하다. 다만, 세액공제를 이미 신청했거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부할 경우 해당 신청 건은 심사에서 제외될 수 있다.

 

법인세·소득세를 신고하는 과정에서 세액공제를 적용받기를 희망하는 경우 신고 전까지 사전심사를 신청해야 하며, 신고기한이 경과된 이후라도 세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구·수정신고·기한 후 신고 전까지 신청 가능하다.

 

신청 방법은 홈택스·우편·방문접수를 통해 신청할 수 있으며, 홈택스를 통해 신청하는 경우 심사 진행상황 확인, 신청서류 제출 자가 검증 체크리스트 제공, 사전심사 결과를 공유할 세무대리인 지정 등 다양한 편의 기능이 제공된다.

 

국세청은 사전심사 접수시 납세자가 신청한 연구·인력개발비에 대해 세법상 연구개발과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다.

 

심사과정에서 신청의 편의를 위해 비대면 서면심사가 원칙이나, 제출된 서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의를 받아 현장 확인을 할 수 있다.

 

특히, 심사담당자는 신청인에게 사전심사 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 설명한 후 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공하며, 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사 신청을 할 수 있다

 

다음은 국세청이 납세자로부터 연구·인력개발비 사전심사를 접수 받아 심의 후 세액공제를 인정하거나 불인정한 사례다.

 

□고객사의 납품 조건을 충족하기 위한 활동

 

F기업은 고객사와 부품 납품에 대한 계약을 체결하고 납품 조건을 충족하기 위해 수행한 활동에 참여한 연구원 인건비 0억원을 사전심사 신청했다.

 

국세청은 F기업이 연구개발 활동의 증빙으로 제출한 연구보고서 등을 통해 시제품 제작과 공정을 설계·구축하고 고객사에 이를 검사받는 과정 등 여러 번의 시행착오 활동을 진행한 사실과 이 과정에서 특허등록 내역을 확인했다.

 

심사과정에서 고객사의 납품 계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부가 쟁점으로 부상했으나, 기업의 책임과 비용으로 시제품 제작 및 공정 개선 등 시행착오를 거치고 연구개발에 따른 성과물(특허)을 보유하는 등 납품 조건을 충족하기 위한 체계적인 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당한다고 보아 적격 판정이 내려졌다.

 

□AI 프로그램의 인식률 개선을 위한 고도화 활동

 

G기업은 자동인식 AI 프로그램을 대상으로 인식률을 개선·향상시키는 개발 활동을 수행하고 참여한 연구원의 인건비 0억원을 사전심사 신청했다.

 

국세청은 연구노트 등 제출 서류를 통해 데이터 수집, 데이터 레이블링, 알고리즘, 학습추론 방법 개발 등의 활동을 수행한 것을 확인했다. 다만, 소프트웨어 분야에서 프로그램 출시 이후 활동은 연구개발 활동으로 인정하지 않는 것이 일반적이나, G기업이 수행한 활동이 연구개발 활동에 해당하는지 여부에 대해 집중 심사했다.

 

심사 결과 데이터 수집·가공 및 재학습 등 체계적인 과정을 통해 인식 오류 감소 또는 목표 수치를 달성해 AI 모델의 성능을 개선한 활동은 세법상 연구개발 활동에 해당한다고 보아 적격 판정이 내려졌다.

 

□고객사의 작업지시서에 의한 단순 제작

H기업은 고객사에 의류를 납품하기 위해 디자인을 진행하고, 참여한 연구원들의 인건비 0억원을 사전심사 신청했다.

 

국세청은 고유의 브랜드를 보유한 고객사의 디자이너가 작성한 작업지시서를 H기업이 제공 받아 디자인하고, 샘플 제작 등의 활동을 수행한 것을 확인했으나, 작업지시서에 의한 의류 제품 디자인 개발이 연구개발 활동에 해당하는지 여부를 집중 심의했다.

 

심사결과 고객사의 작업지시서에 따른 디자인 도안 작성, 샘플 제작 등의 활동은 일반적인 제품 디자인 활동으로 디자인을 개발하기 위한 독창적이고 체계적인 세법상 연구개발 활동에 해당하지 않아 부적격 판정을 내렸다.

 

□연구개발 성과물을 구입하는 비용

 

I기업은 수탁업체와 장비개발 관련 연구용역 계약을 체결하고 수탁업체에 지급한 연구개발 비용 0억원을 위탁연구개발비로 사전심사 신청했다.

 

국세청은 연구용역계약서 등에 의해 개발한 장비를 판매할 수 있는 권한은 I기업이 소유하고 지적재산권·설계 도면은 수탁업체가 소유한 것을 확인했으며, 연구개발 성과물을 구입하는 비용이 위탁연구개발비에 해당하는지 여부를 집중 심의했다.

 

심사 결과 위탁연구개발 비용으로 세액공제를 적용받기 위해서는 연구개발용역에 따라 발생하는 지적재산권 등 연구개발 성과물이 실질적으로 위탁자에게 이전되어야 하는 것으로 확인됐다.

 

이는 세액공제 대상이 되는 위탁연구개발비는 연구개발 자체의 위탁비용에 한하는 것으로, 연구개발을 통해 생산한 장비의 판매 권한을 취득하기 위한 비용은 과학기술 연구개발을 위탁한 비용에 해당하지 않은 것으로 보아 부적격 판정이 내려졌다.