세무관서가 법인세 세무조사 과정에서 특정법인 해당 여부를 제대로 확인하지 않아 증여세 과세를 빠트리는 등 부실한 세무조사를 진행한 것으로 나타났다.

 

감사원이 9일 공개한 대전지방국세청 정기감사 자료에는 기업에 대한 법인세 세무조사 과정에서 특정법인 여부를 확인하지 않아 세금을 부과하지 못한 사례가 여럿 나열됐다.

 

국세청 조사사무처리규정에 따르면, 조사의 효율성과 납세자 편의를 감안해 조사대상납세자와 출자관계에 있는 자, 거래가 있는 자, 납세자와 특수관계에 있는 자 등 관련인에게 조세 탈루혐의가 있으면 관련인을 동시조사 할 수 있다. 이에 따라 국세청은 통상 세무조사 과정에서 특수관계인과의 거래를 부당행위계산부인 대상으로 판단한 경우에는 거래상대방이 특정법인에 해당하는지를 확인해 특정법인 지배주주에 대해 증여세를 과세한다.

 

이와 관련 상속세 및 증여세법 제45조의5 제1항에 따르면, 지배주주와 그 친족이 직간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(특정법인)이 지배주주의 특수관계인으로부터 재산이나 용역을 무상으로 제공받거나 통상적인 거래관행에 비춰 현저히 낮은 대가로 양도·제공받는 경우에는 특정법인의 이익에 주식보유비율을 곱해 계산한 금액을 지배주주 등이 증여받은 것으로 본다.

 

이런 거래를 상증세법에서 증여의제로 규정한 취지는 결손 또는 휴면법인 등 가치가 낮은 법인의 주식을 저가로 자녀에게 취득하게 한 후 해당 법인에 재산을 증여하거나 채무를 대신 변제하는 방법으로 지원해 가치가 높은 우량기업으로 성장시키는 등 법인세 및 증여세 부담 없이 부를 이전하는 변칙적 증여 행위를 방지하려는 데 있다.

 

이 조항은 1996년 신설된 후 과세대상 범위가 계속 확대됐고, 2016년 이후 증여예시 규정에서 증여의제 규정으로 전환됐으며, 2019년 법률개정을 통해 과세대상이 법인의 결손 여부 등과 관계없이 지배주주의 지분율 30% 이상으로 일원화됐다.

 

이번 감사원 감사 결과, 대전청은 세무조사 과정에서 A기업이 B기업에 공장 임차료를 시가보다 과다지급하거나 임가공 용역 과정에서 발생한 부산물을 제공하는 등 부당이득 제공 사실을 확인하고 부당행위계산부인 해 법인세를 부과했을 뿐, B법인이 특정법인에 해당하는지 검토하지 않았다.

 

또 C기업이 특수관계자인 D기업에 미강 주정 추출물을 저가 양도한 것으로 봐 법인세를 매기면서도 이익을 분여받은 D기업이 특정법인에 해당하는지, 지배주주에게 증여세 납세의무가 있는지는 검토하지 않았다.

 

특수관계자에게 자금을 무상 대여하거나 특수관계자로부터 공장 및 기계장치를 고가 임차한 것으로 봐 부당행위계산부인 한 후 법인세를 과세했지만, 이익을 분여받은 수혜법인이 특정법인인지 확인작업은 빠트린 경우도 있었다.

 

이처럼 부실한 세무조사로 2021~2024년까지 13개 법인과의 거래를 통해 이익을 분여받은 15개 특정법인의 지배주주 16명에 대해 증여세 33억여원을 부과하지 못했다.

 

이에 감사원은 무신고한 증여세 징수 방안을 마련하라고 통보하고, 세무조사 업무를 소홀히 한 직원들에 대해서는 주의를 촉구하라고 통보했다.