국세청이 모범납세자에 세무조사 시기만 늦춰주는 ‘유예’ 혜택을 제공해야 하는데도 불구하고, 실제로는 세무조사 대상에서 아예 ‘제외’한 것으로 감사원 감사 결과 드러났다. 이에 따라 일부 법인은 불성실혐의 사업연도 법인세 세무조사가 불가능하게 된 것으로 나타났다.

감사원이 27일 공개한 국세청 정기감사 보고서에 따르면, 국세청은 모범납세자에 세무조사 유예 등 세정상 우대 혜택 뿐만 아니라 보증심사 시 보증비율 우대, 적격심사시 가점 등 사회적 우대 혜택을 부여한다.

이 중 세무조사 유예혜택은 세무조사 대상으로 선정이 되더라도 구체적인 탈루혐의 등이 없는 한 세무조사 착수시기만을 연기해 주도록 하고 있다.

문제는 국세청이 아예 모범납세자를 세무조사 대상에서 제외했다는 점이다. 국세청은 2024년 12월 이전까지 모범납세자가 법인세 정기조사 대상에 선정되더라도 조사 대상에서 최종 제외하도록 내부 지침을 마련·운용했다.

감사 결과, 2020년부터 2023년까지 모범납세자로 선정된 법인 총 2천164개 중 180개 법인이 총 228회(법인별 총 세무조사 제외횟수 합산)에 걸쳐 세무조사 대상에서 부당하게 제외됐다. 이들 법인들은 해당 사업연도에 장기 미조사나 불성실 혐의가 있어 조사선정 사유가 있는데도 불구하고 아예 명단에서 빼버린 것이다.

일례로 2020년 모범납세자로 선정된 A유한회사는 2019사업연도부터 2021사업연도까지 장기 미조사를 사유로 세무조사 대상에 올랐으나, 매번 모범납세자라는 사유로 법인세 조사대상에서 제외됐다.

또한 2023년 모범납세자에 선정된 B회사는 불성실 혐의로 2022사업연도 정기조사대상으로 선정됐다. 원칙상 3년의 유예기간 경과 후인 2026년 이후 세무조사를 받아야 하지만, 2022사업연도가 조사대상에서 제외되면서 해당 사업연도의 법인세 세무조사가 사실상 불가능해졌다.

감사원은 국세청에 앞으로 모범납세자라는 이유로 불합리하게 세무조사 대상 선정에서 제외되는 일이 없도록 관련 업무를 철저히 하라고 주의 통보했다.