예비벤처기업이 취득한 부동산에 대해서도 '창업벤처중소기업'의 조세특례제한법상 취득세 및 등록세를 면제받는 규정을 적용해야 한다는 판결이 내려졌다.

인천지방법원 제1행정부는 최근 취득세등부과처분취소 소송에서 원고가 주장한 청구는 이유 있으므로 피고인 인천시 부평구청장이 원고에게 등록세와 취득세 등을 부과한 처분을 취소하라고 판결했다.

원고인 A사는 자동차부품 개발기술에 관한 신기술기업으로 2007년 7월 인천지방중소기업청장에 벤처기업확인신청을 했고 그해 8월에 '예비벤처기업확인서'를 발급받았다.

그후 A사는 그해 9월 29일 사업용 재산으로서 문제가 된 부동산을 취득했고 규정에 따라 취·등록세 등을 면제받았다. 또 A사는 확인서 이후 6개월이 지나 벤처기업확인서 재발급을 신청했고, '벤처기업확인서'를 2006년 3월에 재발급받았다.

그런데, 처분청인 인천시 부평구청은 A사가 부동산을 취득한 시점이 2005년 9월로 이 시기는 예비벤처기업에 불과해 조세특례제한법 상의 창업벤처중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 2006년 11월에 취·등록세 2억3천여만원을 부과 고지했다.

조세특례제한법에는 창업벤처중소기업의 경우 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 당해 사업을 영위하기 위해 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대해서는 취·등록세를 면제하도록 했다.

법원은 이 경우 "예비벤처기업으로 확인받은 경우를 벤처기업으로 확인받은 경우와 실질적으로 다르게 취급할 이유가 없다"고 밝혔다.

그 이유에 대해 ▲ 원고가 예비벤처기업확인서를 받은 이유는 기술성 및 사업에 대해 적격 요건을 갖추었으나 창업후 6개월이 경과되지 않았기 때문인 점 ▲ 예비벤처기업으로 확인 받고 6개월 경과 후 확인서의 재발급을 요청했음에도 실사가 아닌 서류상만으로도 확인받아 벤처확인서를 발급받았으며 유효기간도 예비확인서도 동일하게 기재된 점 ▲ 벤처기업확인서를 다시 재발급 받은 이유는 단지 창업의 유무만을 확인하기 위한 행위라는 점을 들었다.

따라서 법원은 "원고가 조세특례제한법상 인정되는 벤처기업으로 확인받은 날은 예비벤처기업확인서를 받은 2005년 8월로 보는 것이 정당하다"며, "원고가 부동산을 취득한 시점은 확인서 받은 이후 2년 이내에 사업용 재산으로 취득한 것으로 보아 감면 대상에 해당하므로 처분청의 처분은 위법하다"고 판결했다.