국세청의 징세 행정절차와 납세자 권익보호를 위해 국세행정감독위원회를 설치하는 등 감독기관과 입법기관의 근본적인 대책마련이 필요하다는 주장이 제기됐다.

참여연대는 25일 감사원이 지난 22일 국세청, 기획재정부, 조세심판원 등을 대상으로한‘세정 신뢰도 개선실태'에 대한 감사결과에 대해 논평을 내고 이같이 주장했다.

참여연대는 감사원의 감사 결과 기획재정부와 국세청이 조세징수를 쉽게 하기 위해 저소득계층을 중심으로 세 부담을 지우고 행정에서도 적정한 조세절차를 지키지 않아왔으며 조세심판기관마저 객관성 있는 심사를 하지 못하도록 하는 등 적정한 행정절차의 집행과 납세자 권익보호에 있어서 심각한 문제점이 드러났다고 지적했다.

참여연대는 특히 조세를 담세력에 맞게 공평하게 부담하도록 입법하여야 할 기획재정부는 소득세의 면세점에도 못 미치는 저소득층 국민들에게 14%의 높은 원천징수를 받게 하면서도 행정편의를 위해 일괄적으로 분리과세만 할 수 있도록 하고 종합소득세 신고를 통해 납부한 소득세를 환급받을 수 없도록 하여 담세력이 없는 저소득층 국민들에게 매년 수천억 원에 달하는 세금을 부담하게 했다고 주장했다.

또한 참여연대는 부당한 과세로부터 납세자를 지켜야 하는 조세심판원은 심판결정 과정에서 법령에 근거도 없는 재심의요구 절차를 거치도록 하여 부당한 과세로부터 납세자의 권익을 지키도록 한 자신의 본분을 망각했고 이로써 세법을 입안하는 기획재정부, 과세권을 행사하는 국세청, 그리고 부당한 과세로 부터 납세자를 보호하는 조세심판원 등 3대 세정관련 기관이 모두 총체적인 난맥상을 보인다고 언급했다. 
참여연대는 이와 더불어 국세청은 2009년 국세행정 종합 신뢰도가 전년에 비해 1.4점이나 상승해 납세자 권익보호가 매우 잘 이뤄진 것으로 홍보해 왔으나  감사원의 감사결과에 따르면 기업에 대한 조사대상 과세기간을 확대하기 위해서는 납세자보호위원회의 승인이 있어야 하지만 실제로는 조사기간을 연장한 1천574개의 업체 중 1천134개 약 72%가 승인 없이 조사대상 과세기간을 확대하여 조사했으며, 심지어 연장한 것 중에서 425개는 추징실적이 하나도 없었다고 밝혔다.

또한 금융거래조사를 하기 위해서는 조사국장의 승인이 있어야 하지만 조사 업체 중 142개는 승인 없이 조회했고, 168개는 임의로 승인받은 기간보다 더 확대해 실시하는 등 결국 국세청은 입으로는 납세자의 권익보호를 외치면서 실제로는 여전히 편리할 대로 행정을 집행하고 오로지 세금징수만을 위해 열을 올린 셈이라고 비판했다.
 
이에 참여연대는 세정기관은 국민으로부터 위임받은 과세권을 행사하면서 국민의 재산권 침해를 최소화하고, 소득에 따라 공평하게 세금을 징수하는 것이 의무인 것은 당연하므로 국가기관이 편리할 대로 세금을 징수할 뿐 조세정의와 공평성을 고려하지 않는다면 세무행정은 결국 납세자의 신뢰를 잃을 수밖에 없는 것이라고 전제했다.

따라서 참여연대는 이제라도 세정당국은 감사원의 이번 감사결과를 겸허히 수용하고 근본적으로 문제점을 해결할 수 있는 실효성 있는 대책을 수립하고 아울러 정부와 국회는 세무행정을 객관적으로 감시할 수 있는 외부감독기구로서 최근 논의되다가 무산된 국세행정감독위원회를 하루속히 설치하는 한편 세정을 세무공무원의 재량권이나 내부행정지침에 따르는 것이 아니라 상세한 절차를 규정한 법률에 따라 집행할 수 있도록 조세절차 관계법을 입법화하는 데 적극 나서야 한다고 촉구했다.