국세청과 기업간 연구·인력개발비 세액공제를 둘러싼 이견을 좁혀질 수 있게 됐다. 이에 따라 본의 아니게 세액공제를 잘못 적용해 나중에 세무조사 과정에서 무거운 가산세를 추징당하는 위험도 줄일 수 있게 됐다.

 

국세청은 올해부터 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도’를 시행한다고 13일 밝혔다(2019.12.27자 보도).

 

 

연구·인력개발비 세액공제는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타 기관과 공동연구하면서 인건비·재료비 등을 지출한 경우, 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다. 2018년 기준 3만353개 기업이 2조2천998억원을 세액공제받았다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당 여부나 공제가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자간 이견이 많은 항목 중 하나다. 때문에 나중에 세무조사에서 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징당하기도 한다.

 

 

국세청은 이같은 기업들의 세무부담을 줄여주기 위해 올해 1월1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도를 시행한다.

 

사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받으려는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있다. 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고 가능하다.

 

심사대상은 이미 지출한 비용 뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액 제한은 없다. 단, 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등은 심사에서 제외된다.

 

신청기한은 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며, 법인세(소득세) 신고 때 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능하다.

 

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과)를 통해 하면 된다.

 

제출서류는 ‘연구·인력개발비 사전심사 신청서’, ‘연구개발 보고서’, ‘연구개발비 명세서’, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류 등이다.

 

기업들이 이같은 절차에 따라 세액공제 사전심사를 신청하면, 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀에서 심사를 실시해 신청한 연구·인력개발비를 기술 및 비용 측면에서 검토하게 된다.

 

연구·인력개발비는 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분되는데 연구개발 및 인력개발에 맞는지 여부를 기술적 측면에서 검토하며, 일반 연구·인력개발비 보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

 

신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 사전심사가 접수된 경우 한국산업기술진흥원에서 기술검토가 진행될 수 있도록 신청인의 동의 하에 제출서류 등을 이관하고, 국세청은 비용검토를 진행한다.

 

심사는 서면심사로 진행되며, 심사 담당자는 신청인에게 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이다. 심사 결과에 이의가 있는 경우 재심사 청구도 가능하다.

 

국세청은 신청인이 심사결과에 따른 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고한 경우, 심사 받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다고 밝혔다.

 

또 심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사결과와 다르게 과세처분이 되더라도, 심사대상 연도에 대한 과소신고가산세는 면제된다.

 

이로써 기업들은 신고 전 사전심사 신청을 통해 세무상 불확실성을 해소하고 납세비용을 줄일 수 있게 됐다.

 

국세청은 제도 시행 초기라 심사팀이 임시조직(TF)으로 운영되고 기술검토는 신성장동력·원천기술의 심사와 동일하게 외부전문가를 활용해 진행할 예정이지만, 사전심사 신청 추이를 반영해 연구개발 세정지원TF팀을 확대한 상설조직으로 개편을 추진할 예정이다.

 

아울러 연구·인력개발에 대한 전문지식을 갖춘 이공계 전공자를 분야별로 충분히 확보해 신속하고 친절한 사전심사 서비스를 제공할 것이라고 밝혔다.

 

자세한 내용은 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF(044-204-3333~9)로 문의하면 된다.