대구지방국세청이 경정청구 업무의 부당처리로 법인세를 과다 환급한 사실이 감사원 감사에서 드러났다.

지난 9일 감사원이 공개한 국세 경정청구 처리실태 보고서에 따르면 대구지방국세청은 지난해 8월 주식회사 A기업이 자회사를 양수하면서 취득한 영업권 3천166억에 대한 2019년 9월부터 12월까지의 감가상각비 211억원을 손금에 산입해 달라는 경정청구를 받고 이를 인용해 법인세 52억원을 환급 결정했다.

이 과정에서 대구청은 별다른 검토 없이 3천166억원을 영업권 평가액으로 인정해 최대 614억원에서 최소 153억원 상당을 과다 인정한 것으로 확인됐다. 그 결과 A기업의 2019년도 영업권 감가상각비 40억9천만원을 과다 손금 산입하고 법인세 11억7천682만원을 과다 환급했다.

A기업은 지난해에도 영업권 감가상각비 122억 8천만 원을 과다 손금산입해 법인세 34억2천78만원이 과소 신고됐고, 올해 사업연도 이후에도 나머지 감가상각비 450억5천만원을 과다하게 손금으로 반영해 법인세 112억6천250만원이 과소 신고될 우려가 있는 것으로 나타났다.

감사원은 대구지방국세청에 대해 부당 환급된 법인세를 추가 징수하는 방안을 마련하도록 통보했다.

대구지방국세청 관계자는 “향후 경정청구를 포함한 업무처리 과정에서 사업양도와 관련해 법인이 영업권을 과대평가된 상태로 자산으로 계상하거나 해당 영업권에 대한 감가상각비가 과다하게 손금으로 계산되지 않도록 관리하겠다”고 말했다.