각 지방국세청별로 세무조사 대상자의 선정에 있어 편차가 큰 것으로 나타났다. 가장 편차가 큰 것은 양도소득세로 서울은 납세자의 4.52%를 조사해 가장 낮은 비율인 부산의 0.4%보다 무려 11배의 조사비율을 보이고 있다.

각 지역별 세수의 성격과 부의 분포가 다르므로 어느정도의 편차는 있을 수 있으나 이같은 양태가 계속되면 세무조사의 정치성 논란, 특정지역이나 계층에 대한 보복성 논란이 끊이지 않게 된다.

전국 세무서에서 운영중인 과세전적부심사위원회 및 이의신청위원회의 경우 일부에서는 심사위원의 참석이 매우 저조하며 전체 위원의 절반도 참여하지도 않고 있다.

참석 수당 또한 국세청(지방청)은 10만원 세무서는 7만원을 지급토록 하고 있으나 참석인원과 지급액수가 서로 맞지 않는 경우가 부지기수다. 말로만 납세자 권리구제를 이야기할 것이 아니라, 법으로 보장된 각 위원회의 운영부터 내실을 기해야 한다.