취득세 과세물건이 거의 등기 등록을 함으로써 세원포착이 용이하나 과점주주에 대한 관계서류는 회사 자체에 비치하고 있는 주주명부(상법 제352조)와 법인이 법인세 신고시 주식등변동상황명세서를 제출하고 있을 뿐이다. 세무서에서 주식등변동상황명세서를 확보하기란 기관간의 협조가 잘 이루어지지 않아 많은 어려움이 있다.
주식등변동사항명세서를 보면 관계란에 대표자는 `본인'이라 표시하고 나머지는 대부분 `기타'로 표시하고 있어 어떤 자와의 관계가 친족의 범위에 속하는지 특수관계에 속하는지 알 수 없다. 최근 기업에 부담을 준다는 이유로 현장방문조사가 아닌 서면조사를 실시하고 있다. 서면조사서에 주주이동사항명세서가 첨부되어 있지만 마찬가지로 친족·특수관계를 파악하기란 매우 어려움이 있다. 심한 경우는 사실이 아닌 허위의 서면조사서를 제출하는 사례도 발생할 수 있다.(과점주주에 대한 취득세 과세제도를 잘 알고 있을 경우)
주주구성의 실제를 보면 회사설립시 일정수이상의 주주수를 갖추어야 하고 과점주주에 대한 제도상의 불이익을 피하기 위하여 주식을 수인의 이름으로 분산시키는 경우가 있다. 이 경우 실제주주가 될 의사없이 명의만 주주로 되어 있으므로 명의주주라 한다. 명의주주를 포함하여 과점주주가 되었을 때 취득세 과세는 다툼이 있고, 명의주주에 대한 과세는 실질과세의 원칙에 반하므로 취득세를 과세할 수 없다.
5.신고납부 불이행
과점주주 취득세 과세는 일반 대중적이지 못해 규모가 큰 법인이나 과거에 과점주주에 대한 취득세를 추징당한 경험이 있는 법인을 제외하고는 취득세 과세대상인지조차 모르고 있다. 과점주주에 대한 취득세 과세는 세무공무원이 정보수집 곤란 등 세원포착이 어려워 부과제척기간을 넘기는 수도 있다. 이러한 이유 등으로 신고납부가 매우 저조하다.
전라북도의 예를 보면 '98년 총 69건을 과세한 바 있다. 그 중 21.7%인 15건이 신고납부하였고, 78.3%인 54건이 보통징수의 방법에 의하여 과세하였다.
6.과점주주 회피로 인한 탈세
과점주주는 간주취득을 인정하는 제도인다. A법인을 실질적으로 갑이 취득한 경우 A법인의 주식을 갑이 1백% 매입한 경우에는 취득세를 1백% 과세할 수 있다. 그러나 지방세법을 잘 아는 갑이라면 갑 40%, 을 30%, 병 30%(을, 병은 명의주주-명의를 도용당한 경우 또는 명의신탁)씩 각각 분산하여 주식을 취득할 때 지방세 전액을 포탈할 수 있다.
