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국세인 법인세와는 달리 지방세법에서는 학교법인의 기본재산이라도 교육용 기본재산에 대해 비과세를 하고 있지만 수익용기본재산에 대해서는 원칙적으로 과세를 하고 있다. 지방세법 제107조 및 제127조는 용도구분에 의한 비과세로써 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 초·중등교육법및고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기에 해당하는 것에 대해 취득세 및 등록세를 부과하지 않는다. 그러나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하고, 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여는 취득세, 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 따라서 학교법인은 교육사업에 사용하기 위해 부동산을 취득하는 경우에는 취득세, 등록세가 비과세되지만, 수익사업을 하는 경우에는 취득세, 등록세의 과세대상이 된다.
지방세법 제186조는 학술사업을 목적으로 하는 학교법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동산 즉 교육용 기본재산에 대해 재산세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 교육용 기본재산에 해당하는 부동산을 유료로 사용하거나 당해 부동산의 일부를 그 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분 또는 그 일부 토지에 대하여는 재산세를 부과한다. 결국 지방세는 학교법인의 부동산 중 교육용 기본재산의 경우는 용도구분에 의한 비과세대상이지만, 부동산 중 수익용 기본재산으로 수익사업에 사용하거나 교육용 기본재산을 유료로 사용하는 경우에는 모두 과세대상이 된다고 한다.
따라서 학교법인의 수익사업으로 대학 외에서 건물임대업을 운영할 경우에는 그 건물 전체에 대해서 지방세(취득세, 등록세, 재산세)를 부담할 수 밖에 없지만, 대학내에서 학생들의 후생복지시설로 운영되면서 그 일부가 외부인들에게 개방되는 경우 비록 건물 전체가 수익사업으로 인정돼 취득세 및 등록세를 부담한다고 하더라도, 재산세만은 외부인에게 유료로 개방된 부분에 대해서만 부과되고 학교 및 학생들이 사용하는 부분에 대해서는 재산세를 부과할 수 없다고 봐야 한다. 그러나 간혹 지방자치단체와 학교법인이 건물 전부에 대해 취득세, 등록세와 재산세를 부과하고 이를 납부하는 경우가 있다.
한편 대학 설립·운영규정에 의하면 교사시설에는 교육기본시설, 지원시설, 연구시설, 부속시설로 구분할 수 있다. 그러나 학교의 교육시설에는 교육·연구·부속시설 외에도 후생복지시설이 있을 수 있는 바, 이러한 후생복지시설에는 식당, 매점, 스포츠센터 나아가 게스트 하우스와 같은 숙박시설을 갖춘 대형건물 등도 포함될 수 있다고 봐야 할 것이다. 최근 정부는 대학설립·운영규정을 개정해 연구시설 및 부속시설은 고등교육법 시행령 제3조에 의한 학교헌장이 정하는 바에 의하고(제4조제2항), 세부 부속시설의 종류는 교육부장관의 고시로 따로 정하도록 하고 있다. 또한 종전에는 교사시설 중 부속시설로 규정하지 않았던 교수, 직원, 대학원생, 연구원의 주택 또는 아파트, 공관, 연수원, 산학협력단 시설, 학교기업 시설 등을 공통적인 부속시설로 명기하고 있다.
그런데 이들 시설들을 모두 사립학교에서 직영한다고 하면 엄청난 인건비와 시설비를 부담하고, 이 경우 모든 부담은 사립학교에 돌아가게 된다. 따라서 대부분의 영세한 재정규모를 가진 대학으로서는 이를 위탁경영이나 임대방식으로 해결할 수 밖에 없다. 그런데 이 경우에도 국가 또는 지방자치단체에서는 이를 세원으로 포착해 수익사업으로 보거나 특히 유료로 하는 것을 문제삼을 경우 사립대학이나 학교법인으로서는 심각한 재정적인 난관에 부닥칠 수 있다.
