실제로 지방자치제도가 실시된 이후 재정자립도가 낮은 지방자치단체에서는 이를 중요한 세원으로 파악해 지방세를 과세하고 있고, 이를 둘러싸고 소송사태까지 이른 경우가 있었다. 그러나 대학설립·운영규정에 의해 향후 학교헌장에 후생복지시설을 많이 명기할 경우에도 그에 대해 지방세가 부과될 것인지 궁금하고, 그 경우에 법적 다툼의 결과가 주목된다.

또한 지방세법 시행령 제78조의2제2항제1호는 고등교육법 제 4조의 규정에 의해 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료사업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있지만, 법인세법상으로는 수익사업으로 보고 있다. 따라서 사립대학 의과대학 부속병원이 경영하는 의료사업은 취득세, 등록세, 재산세가 비과세되지만, 법인세법상 법인세를 부담해야 한다. 물론 이 경우 비영리법인의 고유목적 사업준비금을 손금으로 계상할 경우에는 법인세를 경감할 수 있다. 지방세법 시행령 제78조의2제2항에서 의과대학 부속병원이 경영하는 의료업이라고 규정하고 있기 때문에 학교법인이 수익사업으로서 또다른 의료법인을 설립 또는 인수한 후 그 의료법인 산하의 병원을 의과대학 부속병원으로 조직한 경우에도 지방세법상 용도구분에 의한 비과세에 해당되는지 여부가 문제된다. 생각컨대 이 경우에도 법인세의 과세대상은 되지만, 병원건물 및 토지를 취득하는 경우에 있어서의 취득세, 등록세 등 지방세는 비과세돼야 할 것이다.

Ⅴ. 학교법인 수익사업과 관련된 대법원판례
1. 대법원 판례의 경향
판례상 수익사업에 있어서 영리성을 요구하고 있는 것으로는 구 법인세법 제1조제1항 소정의 '수익사업 또는 수입'은 영리성을 가진 것이거나 영리의 목적으로 영위한 것이어야 한다. 그래서 사회복지법인이 소유한 수영장의 이용대상이 장애인 이외에 일반인을 포함해 아무런 제한이 없으며 운영시간 또한 일반 영리목적의 수영장과 조금도 다름이 없을 뿐만 아니라, 일반인 이용자(92.6%)를 포함한 대부분의 이용자들(99.2%)이 이용료를 부담하고 있는 데다가 그 이용요금 또한 인근 수영장의 50%∼68%에 달하는 것이라면 그 수영장의 운영은 수익성이 있거나 수익을 목적으로 하는 것으로서 재산세 등의 비과세대상에서 제외되는 수익사업에 해당한다고 한다.

다음으로 계속성, 반복성을 요구하고 있는 것으로 어느 사업이 지방세법에서 규정한 재산세 등의 비과세대상에서 제외되는 수익사업에 해당하는지의 여부는 그 사업이 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비춰 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지의 여부 등을 고려해 사회통념에 따라 합리적으로 판단해야 한다고 한다.

수익성을 요구하는 것으로서는 비영리법인이 수행하는 어느 사업이 사업소세의 비과세 대상에서 제외돼 과세되는 수익사업인지 아닌지 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의해 판단할 것이며 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다 하여 그 수익성을 부정할 것은 아니며, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다.