관할등기소의 착오로 부동산가처분등기가 이뤄진 것에 대해 이를 고려하지 않고 단지 공부상에 등록됐다고 해서 그대로 등록세를 부과한 것은 부당하다는 결정이 나와 '일단 법대로 부과하고 보자'는 세무공무원의 부과 행태에 주의가 요구된다.

행자부는 최근 심사청구에서 "청구인의 주장대로 등기소의 착오로 지분표시 없이 등기된 가처분등기를 근거로 이 사건 토지의 가액을 과세표준으로 해 등록세를 추징한 처분은 잘못이다"라며 처분청이 부과고지한 등록세 등 6백여만원을 취소하는 결정을 내렸다고 밝혔다.

행자부에 따르면, 청구인 A씨는 자신의 지분만큼 채무자 B씨의 토지 일부를 법원으로부터 부동산처분금지 가천분신청 결정를 받았고 이를 가처분등기 신청을 했다. 그러나 이 과정에서 법원에서 관할등기소에 등기를 촉탁하는 과정에서 등기소의 착오로 이 부동산의 일부가 가처분등기가 된 것이 아니라 지분의 표시 없이 전체 부동산이 등기됐다.

청구인 A씨는 C 처분청에 법원의 결정대로 일부 지분에 대한 등록세를 신고납부했지만, C처분청은 추후 가처분등기가 전체 토지에 대해 이뤄진 것을 확인하고 전체 토지에 대해 등록세를 부과했을 뿐만 아니라 가산세까지도 부과했다.

A씨는 이에 대해 잘못된 등기에 대해 관할등기소에 민원을 제기했고 경정등기를 했으므로 이 처분은 부당하다고 주장했다.

행자부는 원칙적으로 "등록세는 공부에 등기 또는 등록받은 자에게 부과하는 세금으로, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없다"며 "일단 공부에 등재됐던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소됐다 하더라도 등록세 부과처부의 효력에 아무런 영향이 없다"고 했다.

그러나 이번 사건의 경우엔 "등기 자체가 등기신청인의 의사에 기하지 않고 등기관의 착오로 하자로 인해 착오 등기됨으로써 당해 등기가 적법한 공시로서의 효력을 갖추지 못하게 되는 경우에는 그 등기의 실행이라는 사실 자체가 존재하지 않게 된다고 봐야 한다"고 말했다.

또 "지방세법 제130조에서 등록세의 과세표준을 시가표준액이나 사실상의 취득가액으로 규정한 것은, 등록세의 경우에도 실질과세의 원칙에 따라 그 실질적인 내용에 따라 판단해야 한다"는 것을 뜻한다며, 이 사건의 경우엔 "(오류로 인해) 가처분등기가 아무런 지분표시 없이 이뤄졌다고 해도 등기의 효력은 (법원의) 가처분결정 내용에 한정된 것"이므로 토지 전체의 가액을 과세표준으로 해 등록세를 추징한 처분은 잘못이다라고 결정했다.