조세심판원 "유상증자 공시로 진술 담합 등 우려 없어" 국세청이 증거인멸 우려가 희박함에도 사전통지 없이 세무조사에 착수했으나 위법한 세무조사로 판명됨에 따라 조사과정에서의 행정력 낭비와 함께 세금 고지마저 취소되는 사례가 발생했다. 조세심판원이 6일 공개한 심판결정문(2025중1805)에 따르면, A 법인은 상장법인 등인 특수관계법인들이 실시한 유상증자에 참여해 신주를 취득했다. 국세청은 A법인이 자회사들의 불균등 유상증자를 통해 자회사 주식의 저가취득 혐의가 있다고 봐 비정기 세무조사 대상자로 선정한 후, 증거인멸 등의 우려가 있다는 이유로 세무조사 사전통지를 생략한 채 세무조사를 실시한 후 법인세를 부과했다. 이에 반발한 A법인은 세무조사의 대상이 유상증자의 정보는 이미 공개된 자료를 통해 확인할 수 있기에 세무조사 사전통지 제외 사유에 해당하지 않음에도, 국세청이 사전통지를 생략한 채 세무조사를 한 것은 위법하며 이에 따른 과세처분 또한 위법·부당한다고 주장했다. 국세청은 그러나 사전통지를 할 경우 A법인 및 특수관계법인이 진술을 담합하거나 증거를 인멸할 개연성이 크기에 사전통지 제외 사유에 부합한다고 강변했다. 이와 관련, 국세기본법 제81조의7 제1항에서는 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 통지하여야 하나, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다’고 규정하고 있다. 조세심판원은 “해당 법령은 납세자가 세무조사에 대한 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 과세관청이 세무조사를 실시하기 전에 세무조사 사전통지를 하도록 규정하고 있다”고 환기한 뒤, “과세관청이 이 건 세무조사에 앞서 청구법인에게 세무조사 사전통지를 하지 않은 것으로 확인된다”고 사실관계를 적시했다. 이어, “과세관청은 세무조사 사전통지 제외 사유인 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다는 점을 적극적으로 입증하지 못하고 있다”고 지적했다. 조세심판원은 관련법령 및 사실관계 심리를 통해 “상장법인 등인 특수관계법인들이 실시한 유상증자는 관련 사실관계가 공시를 통해 이미 외부에 공개돼 있다”며 “사전통지를 실시한다고 하더라도 증거를 인멸하거나 관련자들이 진술을 담합해 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다고 보기는 어렵다”고, 세무조사 자체가 위법하기에 조사 결과에 따른 법인세 부과처분 또한 취소토록 심판결정했다.