국세청은 기업이 연구·인력개발활동에 지출한 비용이 세액공제 가능한지 여부를 사전에 확인해 주는 '사전심사 제도'를 운영하고 있다.

 

연구⋅인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구⋅인력개발비로 지출한 금액에 일정비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제해 주는 조세지원제도다.

 

조세 절감 효과는 큰 반면 연구⋅인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청간 이견이 종종 발생하고 있어 사전심사에 대한 기업들의 관심이 높다.

 

납세자는 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 가산세 면제 혜택을 받을 수 있다.

 

사전심사는 연중 상시 신청 가능하며, 특히 법인세 신고기한 전까지 통지받은 심사 결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다. 다만 법인세 신고기간인 3월에는 신청이 집중돼 심사 결과 통보가 지연될 수 있는 만큼 가급적 그 전에 신청하는 것이 좋다.

 

또한 기업이 이미 지출한 비용뿐만 아니라 장래 지출이 확실한 비용과 일부 연구과제에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.

 

다음은 27일 국세청이 밝힌 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 관련 자주 묻는 질문 및 답변이다.

 

 -사전심사는 누가 신청할 수 있나?

"연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인(내국법인·거주자)이 신청할 수 있다. 외국법인과 비거주자는 신청 대상이 아니다."

 

-대리인도 사전심사 신청 또는 취하할 수 있나?

"신청인이 사전심사 신청을 대리인에게 위임한 경우 신청할 수 있다. 다만 신청의 취하는 별도로 취하에 대한 위임을 받은 경우에 한해 취하할 수 있다."

 

-연구·인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 반드시 사전심사를 신청해야 하나?

"아니다. 사전심사 제도는 사전심사를 신청한 납세자에 대해 세액공제의 적정 여부를 사전에 확인해 주는 제도로, 기업의 성실신고를 지원하기 위해 도입됐다. 따라서 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다."

 

-사전심사 신청 후 진행상황을 확인할 수 있나?

"홈택스를 통해 사전심사 담당자와 세분화된 단계별 진행상황을 확인할 수 있다."

 

-연구·인력개발비로 이미 지출한 비용만 사전심사를 신청할 수 있나?

"아니다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 가까운 장래에 지출할 것이 확실한 비용, 전체 비용 중 일부 항목, 전체 연구과제 중 일부 과제에 대하여도 신청할 수 있다."

 

-예상 처리기간은 어떻게 되나?

"특별한 사유가 없는 한 2주 이내 처리하고 심사 결과를 통보하고 있다. 다만 법인세 신고기간인 3월에 신청이 집중되거나 연구·개발활동에 대한 자료의 보완이 필요한 경우 등 불가피하게 처리가 지연될 수 있다. 신고기한까지 심사 결과를 받지 못해 세액공제를 신고하지 않은 신청인에 대하여는 심사 결과에 따라 경정청구를 안내해 신청인의 불편을 최소화하고 있다."

 

-사전심사 결과에 이의가 있는 경우에는 어떻게 하나?

"1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다. 이 경우 심사의 공정성을 위해 심사담당자를 변경해 기술 및 비용 검토를 진행하고 있다."

 

-사전심사를 신청할 때 기술 관련 중요서류를 제출하게 되는데, 이에 대한 보안관리는 어떻게 하나?

"신청인이 제출한 정보에 대한 접근 권한을 심사부서 담당자로 제한하고 전산자료는 반드시 암호를 설정해 관리하는 등 내부통제를 통해 철저히 관리·감독하고 있다."