세무회계와 기업회계기준의 조화문제는 대부분의 문제 해결시 일반적으로 마주치게 되는 합목적성과 효율성의 조화문제로 귀착된다.

세무조정에 따른 기업의 부담을 최소화하기 위해서는 세무회계와 기업회계를 최대한으로 일치시키는 것이 바람직하다. 그러나 기업회계는 주주·채권자·투자자·경영인 등 이해관계인들에게 기업가치에 대한 정확한 재무·경영정보의 제공을 목적으로 하고 있는 반면, 세무회계는 공평과세, 안정적인 재정수요 확보, 투자·기술개발 유도 등 경제정책적 기능수행을 목적으로 하고 있으므로 양 회계는 본질적으로 차이가 있을 수밖에 없다. 

이러한 양자간의 다른 상황에서 그 중간값의 위치에서 조화를 모색하는 것이 가장 현실적인 접근방식이 아닌가 생각된다. 아울러 어떤 특정 사안에 관해 세무회계를 기업회계에 일치시키는 것이 바람직한가의 판단은 기본적으로 비용·수익 분석의 원칙에 따라 이뤄지는 것이 바람직하다고 본다. 즉 양 회계를 다르게 유지함으로써 발생하는 납세자의 협력비용과 이에 따라 달성되는 공평과세·경제정책적 효과 등 효용을 면밀히 따져봐야 할 것이다.

'94년이전에는 세법에 특별한 규정이 있는 경우에는 세무회계를 따르고 나머지는 원칙적으로 모두 기업회계기준을 따르도록 함으로써 양 회계가 양립하는 형태를 유지하다가, 지난 '95년부터는 손익의 귀속시기 및 자산·부채의 취득·평가는 6가지 예외를 제외하고는 모두 기업회계에 의하도록 하는 기업회계우선원칙이 도입됐다. 그러나 이 제도는 조세법률주의 및 기업회계와 세무회계의 기본적인 목적과 기능의 차이를 무시한 것이라는 비판이 제기돼, 다시 '94년이전의 병존 상태로 복귀해 오늘에 이르고 있다.

이러한 변화를 거치는 과정에서도 세무회계는 항상 기업회계를 바탕으로 하고, 그 고유목적에 따라 필요한 수정을 가하는 기본적 형태에는 변화가 없었다고 생각된다. 또한 그 과정에서 세제당국은 세무회계와 기업회계의 차이를 지속적으로 축소시켜 나감으로써 납세자들의 부담을 축소시키기 위해 계속 노력해 왔다. '98년 세법 개정시에는 세법상 손익의 귀속시기 등을 가능한한 기업회계와 일치하도록 했으며, 지난해 개정시에도 채권재조정에 따른 현재가치할인차금의 대손금 인정 등 상당부분을 기업회계와 일치시켰다.

하지만 양 회계간의 차이는 설득력있는 존재이유가 있고, 그 효용이 비용보다 클 경우가 아니면 가급적 일치시켜 나가는 것이 조세제도의 효율성 제고측면에서 바람직하다. 이러한 점에서 기업회계기준이나 세무회계기준 변경시 관계 당사자들이 사전에 긴밀히 협조해 양 회계간의 차이를 축소시켜 나가도록 노력할 필요가 있다고 본다. 이 내용은 개인적 견해이며 재정경제부의 공식입장이 아님을 덧붙인다.