최근의 기업회계는 세법보다 자주 바뀌는 경향이 있다. 이것은 과세관청이 기업회계를 존중하지 못하게 하는 하나의 장벽이 될 수 있다. 왜냐하면 조세수입은 안정성이 유지돼야 하는데 기입회계에 따라 과세소득의 개념이 빈번하게 바뀌면 세무를 예측하기 어렵게 하기 때문이다.

현재 법인세법 폐지론까지 거론되고 있는 상황에서 불필요한 사회적 비용을 초래하는 기업회계와 세법간의 부조화는 반드시 시정돼야 하는 것 중의 하나이다. 그러나 미국과 달리 투명회계가 확실히 보장되지 않는 상황하에서 법인세법 폐지론을 주장한다는 것은 기업회계의 투명성과  조세채권의 확보를 보장받을 수 없으므로 이러한 주장은 시기상조일 것이다.

또 세법과 기업회계기준의 목적의 상충이 이 둘간의 차이를 정당화할 수는 없다. 세무조정을 유발하는 많은 항목들은 근시일내에 차이가 해소되는 일시적 차이이므로 기업회계와 다른 내용을 규정하고 있는 세법의 효익은 세무조정에 따른 비용을 능가하지 못한다. 또한 가산되는 일시적 차이와 차감되는 일시적 차이의 상계효과를 감안할 때 세수확보에 큰 차이를 보이지 않는다.

합병 회계 처리시에도 세수확보 목적이라고 볼 수도 있지만 일정한 요건 아래 익금산입과 동시에 충당금 산입을 통한 손금산입 규정을 두고 있기 때문에 조세채권 확보의 실익도 없이 절차만 복잡하다는 문제를 안고 있다. 세법이 기업회계기준을 즉각 반영하지 못하는 것이 현재의 상황이다.

또 세법의 많은 규정에서 기업회계기준에 따라 결산처리를 했을 경우 인정해 주는 조항이 있는데 외감법에 의한 회계감사를 받는 법인이라면 이들의 회계처리가 적정할 것이므로 대부분이 회사의 회계처리 따르게 될 것이다. 따라서 기업회계기준과 달리 세법의 다른 조항을 두는 것은 행정절차의 불필요한 낭비만 초래하는 것이다.

이밖에 기업회계기준은 회사의 재량에 따른 선택의 기회를 부여하는 반면에 세법은 선택의 기회를 한정함으로써 자본주의 시장에서 기업의 자유로운 경제활동을 오히려 저해할 수 있다. 세법의 일괄적인 규정은 각 기업 고유의 특성을 제대로 반영하지 못해 실질적인 순자산에 영향을 주었음에도 불구하고 이를 통제함으로써 오히려 왜곡된 정보를 산출할 수도 있다.

현재 세법과 기업회계가 추구하는 목적은 완전히 상반된 것이 아니라 서로 상호보완적인 측면이 더 강하다. 이러한 이유로 현재의 세법은 기업회계와의 차이를 해소시켜 불필요한 행정절차와 세무조정으로 인한 낭비를 줄이자는 것으로 개정해 가고 있는 것으로 알고 있다. 세법과 기업회계기준과의 차이에서 발생하는 효익보다 비용이 더 큰 상황하에서 이들의 조화를 꾀하고, 감사의 기능을 더 강화하는 것이 기업의 투명성이 더 강화되며 조세채권 또한 확보될 것으로 보인다.