전자계산조직을 이용한 시스템분석과 프로그램개발용역에 대해 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원은 최근 A某회사가 ○○세무서장을 상대로 낸 부가가치세 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 A회사는 서울시 중구 ○○동에서 컴퓨터부품 판매 및 소프트웨어개발업을 영위하는 법인으로 지난 '98.9월부터 지난해 2월까지 ○○시스템하우스주식회사에 1억5천만원 상당의 ○○투자증권 대외계시스템 구축 프로그램개발용역을 제공한 후 이 용역을 부가가치세 면제대상으로 신고했다. 그러나 처분청이 A회사가 제공한 용역은 ○○시스템하우스주식회사의 지도 감독하에 수행한 용역이므로 A회사 책임하에 독립된 자격으로 개발한 용역이라고 볼 수 없다며 부가가치세를 결정고지하자 심판을 청구했다.

심판원은 결정문을 통해 `부가가치세법 제12조제1항13호에 의거, 개인·법인 또는 법인격없는 사단·재단, 기타 단체가 독립된 자격으로 학술연구용역·기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템 분석 및 프로그램개발용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다'며 `A회사는 이 용역에 대한 프로그램 개발을 책임지고 독립된 자격으로 수행했고, 소유권도 용역료를 받고 인도하기 전까지 제3자로부터 특허권 침해 청구 등에 대해 최종방어 책임을 지기로 하고 개발한 점이 확인된다'고 설명했다.

처분청은 이에 따라 `위 용역은 청구법인이 독립된 자격으로 인력을 활용·개발해 다른 법인에게 제공한 것이 인정된다'며 `부가가치세를 부과한 처분은 부당하다'고 결정했다.