실지폐업일에 대한 사실관계 확인도 없이 매입세금계산서를 폐업이후의 실물거래없는 가공매입세금계산서로 보아 매입세액불공제 및 필요경비를 불산입해 과세한 처분은 부당하다는 결정이 나왔다. 

국세심판원은 최근 S某씨가 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 S씨는 부산시 사상구에서 ○○○화학이라는 상호로 신발부품의 제조업을 영위하는 사업자로서 세금계산서를 교부받아 지난 '97년 제1기분 부가가치세 신고를 하면서 매입세액을 공제받았다. 그러나 처분청은 매입세금계산서가 공급자가 폐업한 날이후 발행된 것이라며 이를 가공자료로 보고 매입세액 불공제 및 필요경비를 부인, '97년 제1기분 부가가치세와 같은해 귀속 종합소득세를 경정 고지하자 심판을 청구했다.

심판원은 결정문을 통해 `처분청이 비치하고 있는 사업자등록교부 및 검열대장에 공급한 사업자 ○○○산업의 개업일이 지난 94.5.11로 된 사업자등록증이 같은해 5월14일에 교부된 것으로 기재돼 있다'며 `이는 사업자등록증이 교부되기도 전에 전산처리상 직권 폐업돼 서로 모순됨에도 사실관계의 조사없이 92년말을 실지폐업일로 단정한 것은 잘못이다'고 설명했다.

심판원은 또 `소득세법상 소득금액 확정의 기초가 되는 매출수익과 필요경비, 부가가치세 및 특별소비세의 과세표준 산정기초가 되는 매출·매입액에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다'며 `납세의무자의 신고나 정부의 결정에 오류 또는 탈루가 있을 때에만 이를 경정할 수 있는 것이므로 납세의무자가 매출에 관해 비치·기장한 일기장이나 증빙, 매입이나 비용지출에 관한 증빙이나 세금계산서의 기재는 경정사유에 관한 입증없이 과세청이 이를 임의로 부인할 수는 없다'고 덧붙였다.

심판원은 이에 따라 `청구인의 장부 등에 임가공 의뢰한 수량 및 그 공급대가의 수수내역이 일치해 그 신빙성이 인정되므로 이 거래를 ○○○산업의 매출누락으로 보아 과세함은 변론하고, 이를 청구인의 가공매입으로 보아 당해 매입세액 불공제 및 필요경비 부인해 부가가치세 등을 과세한 처분은 부당하다'고 결정했다.