정부출연금을 지원받아 지출한 연구개발비를 지출한 사업연도 손금산입으로 처리함에도 불구하고 이 출연금은 상환 여부가 확정되는 사업연도에 처분해야 한다며 손금불산입한 처분은 부당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원은 최근 A某법인이 ○○○ 세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 결정했다.

심판원에 따르면 A법인은 서울시 영등포구에서 압력계기 제조·도매업 및 부동산임대업을 영위하는 업체로서 공업발전법 및 같은법 시행령과 공업기반기술개발사업운영요령에 의한 기술개발을 위해 한국계측기연구조합과 중소기업청으로부터 지난 '97·'98년도에 각각 지원받고, 당해 사업연도에 장기차입금으로 계상했다.

또 출연금으로 지출한 연구개발비 금액은 '97·'98년도 지출한 사업연도에 각각 이연자산으로 계상한 후 손금산입했다. 그러나 처분청은 A법인이 '97·'98사업연도에 정부출연금으로 지출한 연구개발비는 기술개발이 종료된 사업연도의 익금과 손금으로 계상해야 함에도 청구법인이 지출한 사업연도에 손금산입했다며 이를 손금불산입 처분해 결정 고지하자 심판을 청구했다.

심판원은 결정문을 통해 `舊 법인세법 제17조제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정돼 있고, 제3항에서 기업회계우선적용의 원칙을 규정했을 뿐만 아니라 연구개발에 사용해 발생한 비용을 조건부차입금의 익금산입시기에 결부시켜 손금산입해야 한다는 법인세법상의 명문규정이 없다'고 설명했다.

심판원은 또 `청구법인이 기업회계기준에 따라 회계처리하고 법인세법 관련규정에 따라 손금과 익금을 산입했다면 정부출연금을 지원받아 지출한 연구개발비도 지급할 의무가 확정된 지출연도에 손금으로 산입하는 것이 舊 법인세법상의 권리·의무 확정주의에 충실한 것'이라고 덧붙였다.

심판원은 이에 따라 `청구법인이 정부 출연금을 수령한 사업연도에는 정부 출연금을 장기차입금으로 계상하고 상환금액이 확정된 사업연도에 상환할 필요가 없는 정부 출연금을 특별이익으로 계상해 익금 산입하고, 연구개발비는 이연자산으로 계상해 그 대가를 지급할 의무가 확정된 지출연도에 舊 법인세법시행령 제38조제2항제4호의 규정에 근거해 당해 사업연도에 균등액이상을 상각한 후 손금에 산입한 것은 잘못이 없다'고 결정했다.