중소사업자가 부동산양도계약후 잔금청산일전에 계약금과 중도금으로 금융기관의 부채와 금융기관부채의 미지급이자를 상환한 경우 특별부가세의 감면을 받는 것은 정당하다는 판결이 내려졌다.

국세심판원은 최근 S某법인이 ○○○세무서장을 상대로 낸 심판청구에서 이같이 밝혔다.

심판원에 따르면 S법인은 시내버스업을 영위하는 중소기업 법인으로써 지난 '99.11월 법인 소유의 경기도 남양주군 소재 부동산을 양도하고, 지난 '99사업연도 법인세 과세표준 신고시 조세특례제한법 제36조인 중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 감면 규정에 근거해 부동산 양도에 따른 특별부가세를 감면 신고했다.

그러나 처분청은 S법인이 부동산 양도대금을 '99사업연도이내에 금융부채를 상환하는데 사용해야 특별부가세를 감면받을 수 있음에도 양도대금 중 일부 금액만 '99사업연도에 금융기관의 부채를 상환하는데 사용한 사실이 확인된다며 일정기간내에 사용하지 않은 부동산 양도대금에 대해 감면 신고된 특별부가세의 추징세액을 계산, 결정 고지하자 심판을 청구했다.